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TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘试学课程

时间:2019-01-31 20:01来源:原创 作者:biowolf.cn 点击:
适用人群 生物信息学学员,高校生物、计算机相关专业教师、学生,医学科研人员,医院从业人员,生物专业相关从业人员 课程概述 课程内容:肿瘤免疫浸润简介,TCGA数据下载,数据

适用人群
生物信息学学员,高校生物、计算机相关专业教师、学生,医学科研人员,医院从业人员,生物专业相关从业人员
课程概述
课程内容:肿瘤免疫浸润简介,TCGA数据下载,数据整理,提取mRNA,数据矫正,CIBERSORT运行,CIBERSORT结果整理,柱状图绘制,热图绘制,相关性热图绘制,小提琴图绘制,临床数据下载,临床数据整理,免疫细胞矩阵和生存时间合并,免疫细胞批量化生存分析,免疫细胞矩阵和临床性状合并,批量临床相关性分析,批量临床相关性。
肿瘤免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向肿瘤组织,开始发挥它的作用,可以从肿瘤组织中分离出的浸润免疫细胞。
肿瘤中免疫细胞的浸润与临床结果密切相关,肿瘤中浸润的免疫细胞最有可能作为药物靶标来提高患者的生存率。
CIBERSORT,是由Binder G等开发的反卷积算法,可以基于标准化的基因表达数据来计算复杂组织的细胞组成,改方法能量化特定细胞类型的丰度。通过流式细胞分选术很好地验证并成功评估了乳腺癌及肝癌组织中免疫细胞的组成。
本课程是生物信息学专业课程,需要用到一些专业术语,遇到不明白的可以提问或者直接检索。
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