知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > GEO >

甲基化数据也能做免疫细胞浸润模式了

时间:2019-03-14 10:39来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
号外号外,甲基化芯片数据也能分析免疫浸润模式了。 您在分析甲基化芯片数据的时候,是否觉得写文章图表太少,是否觉得新意还不够,那我们生信自学网的这个文章您值得一看了。
号外号外,甲基化芯片数据也能分析免疫浸润模式了。

您在分析甲基化芯片数据的时候,是否觉得写文章图表太少,是否觉得新意还不够,那我们生信自学网的这个文章您值得一看了。

今天,我们生信自学网给大家介绍一个软件包,只要我们有甲基化的数据,就能得到免疫细胞的含量。我们先了解下甲基化芯片和免疫浸润的概念吧。

Illumina Human Methylation 450K BeadChip芯片可检测人全基因组近450,000个甲基化位点,具有单碱基的分辨率。全面覆盖了96%的CpG岛,并根据需求加入了CpG岛以外的CpG位点、人类干细胞非CpG甲基化位点、正常组织与肿瘤(多种癌症)组织差异甲基化位点、编码区以外的CpG岛、miRNA启动子区域和GWAS疾病相关区域的位点,同时覆盖了Human Methylation27 BeadChip的90%的位点。

免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向组织,开始发挥它的作用,可以从组织中分离出的浸润免疫细胞。肿瘤中免疫细胞的浸润与临床结果密切相关,肿瘤中浸润的免疫细胞最有可能作为药物靶标来提高患者的生存率。
接下来,我们看下具体的软件包了,它就是EpiDISH,我们看下EpiDISH的官方介绍吧。
EpiDISH is a R package to infer the proportions of a priori known cell subtypes present in a sample representing a mixture of such cell-types.
The package only includes one reference of 8 cell subtypes(B-cells, CD4+ T-cells, CD8+ T-cells, NK-cells, Monocdytes, Neutrophils, Eosinophils, and Granulocytes. Note that Granulocytes consist of Neutrophils and Eosinophils). This referecen dataset was based on 450k DNAm array; however, it could be directly used on both of 450k and EPIC array data.
从官方的介绍我们可以看出,EpiDISH针对甲基化的450k芯片,然后可以将450k芯片的数据转换为8个免疫细胞的含量。惊喜吧,以后我们的做甲基化芯片数据分析的时候,是不是文章又增加不少内容,是不是文章的逼格一下子高了很多。

最后,我们生信自学网分享下,EpiDISH做免疫细胞浸润的代码,大家可以试着运行下,有问题可以跟我们生信自学网交流哟。

购买课程《甲基化免疫浸润模式视频》



责任编辑:乐伟
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载!
马上与乐老师QQ联系 生信自学连
BioWolf二维码生成器
顶一下
(1)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔线----------------------------
发表评论
请自觉遵守互联网相关的政策法规,严禁发布色情、暴力、反动的言论。
评价:
表情:
用户名: 验证码:点击我更换图片
BioWolf腾讯课堂
推荐内容
一对一培训视频教程
生物信息学在线培训