知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > ICGC >

SNP突变数据下载基于ICGC数据库

时间:2019-05-25 17:02来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
ICGC数据库SNP数据下载 前面我们已经介绍过这个数据库,也有一个ICGC数据库挖掘的课程,今天我们给大家介绍一下如何使用ICGC数据库下载SNP数据。


ICGC数据库SNP数据下载

前面我们已经介绍过这个数据库,也有一个ICGC数据库挖掘的课程,今天我们给大家介绍一下如何使用ICGC数据库下载SNP数据。
1、进入ICGC数据库官网,进入ICGC的官方有两个地方可以下载数据,DCC Data Releases和Data Repositorles,Data Repositorles点进去的界面和TCGA数据库界面类似,但是下载不是很方便,我们直接进入DCC Data Releases下载打包好的数据:

2、选择数据版本,当然在这里我们都是选择最新版的数据,我们需要提醒大家的是,不论是TCGA数据库还是ICGC数据库,生信自学网否反复强调要大家从官网下载数据,其他聚到获取的数据没有及时更新,或者其他原因都会影响分析。

进入下一级页面,直接选择“Projects”

3、进入癌症选择页面,在这一步,我们需要选择数据类型和数据来源,根据自己的分析,选择数据,比如我们在这里选择日本肝癌的数据,[LINC-JP] Liver Cancer - NCC, JP
每个癌症的数据类型都不是统一的,所以需要大家根据研究点进去看是否和含有自己研究的数据,SNP突变数据在很多癌症都存在,正好我们这里讲解的就是SNP突变数据分析。

在查找数据时,我们一般先限定癌症类型,然后找到该癌症的数据,有些癌症有多个机构提供,可以分别点进去看是否符合分析要求,在决定选哪份数据。
4、选择好数据类型之后,我们就进入了数据下载页面,在这个页面,我们可以有病人信息,样本信息,表达文件,SNP突变文件,当然如果大家选择其他癌症,内容可能不同,我们可以把这些数据都下载下来,然后选其中的SNP数据做后续的分析。

ICGC数据库SNP课程已经给大家准备好了,大家可以学习《ICGC数据库SNP数据挖掘》的课程,谢谢大家对生信自学网的大力支持。


责任编辑:乐伟
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载!
马上与乐老师QQ联系 生信自学连
BioWolf二维码生成器
顶一下
(2)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔线----------------------------
发表评论
请自觉遵守互联网相关的政策法规,严禁发布色情、暴力、反动的言论。
评价:
表情:
用户名: 验证码:点击我更换图片
BioWolf腾讯课堂
推荐内容
秒杀活动
生物信息学在线培训