中药复方网络药理学找药物靶点-生信自学网

中药靶点

前面我们给大家介绍了如何从TCMSP数据库获取中药的中药成分，做后面的分析的话，我们还需要获取中药的靶点，中药靶点我们还是利用TCMSP数据库。
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当然，在找靶点之前，我们可以先了解如何找到中药的有效成分：
http://www.biowolf.cn/Pharmacology/TCMSP_component.html
1、进入TCMSP数据库：http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php
2、在搜索框输入需要分析的中药，比如huanglian，进入选择页面，选择最符合要求的中药。
3、进入结果页面，前面我们用到的是Ingredients，现在我们选择Related Targets，选择之后我们就可以看到中药的靶点，这里显示的是所有有效成分的靶点，在前做有效成分的时候，我们通过两个条件做了删选，分别是OB>30%，DL>0.18，那么在选择靶点的时候，我也需要已经删选过的中药有效成分的靶点。

因为每一个有效成分对应的靶点不止一个，所以，在这里我们把所有的靶点都下载下来，然后结合前面有效成分的数据，通过perl脚本，整理得到有效成分的靶点。
4、经过前面的操作，我们就得到了两个文件
分别是重要中药有效成分、中药靶点

接下来我们就希望得到删选后的中药成分的靶点，那么我们这里需要用到perl脚本：

###Video source: http://study.163.com/provider/1026136977/index.htm?share=2&shareId=1026136977
######Video source: http://www.biowolf.cn/shop/
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######合作邮箱：2749657388@qq.com
######答疑微信: 18520221056

use strict;
use warnings;

my %hash=();

open(RF,"ingredients.txt") or die $!;
while(my $line=<RF>){
	chomp($line);
	my @arr=split(/\t/,$line);
	$hash{$arr[0]}=1;
}
close(RF);

open(RF,"targets.txt") or die $!;
open(WF,">targetName.txt") or die $!;
print WF "MolId\tMolName\tTarget\n";
...
...
获取代码请联系微信：18520221056

经过处理，我们得到了可以用于后续分析的数据：