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m6A RNA甲基化生物信息学挖掘思路

时间:2019-05-17 15:15来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
RNA修饰是一种转录后水平的调控方式,目前已鉴定到超过150种RNA修饰,它们广泛分布于各类RNA,如信使RNA(mRNA)、转运RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、非编码小RNA(sncRNA)和长链非编码
m6A RNA甲基化生信挖掘思路
近年来,科学家们首次发现了一种可逆的RNA甲基化—m6A,即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子发生甲基化修饰(N6-methyladenosine,m6A)。研究发现,m6A是真核生物mRNA上最常见的一种转录后修饰,m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译,以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。

整体研究思路
关于m6A甲基化的研究,目前有多种思路可供选择。下面提供的思路供大家参考,但是针对所提的研究方法可以根据自身实验设计进行延伸和拓展。
一、老数据二次挖掘
先从原有的表达谱芯片数据或转录组数据中,挖掘到差异表达的甲基化酶;
对挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等进行qPCR验证,并进行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平发生改变;
二、研究甲基化修饰差异基因
直接进行m6A-seq和转录组测序,找到时间顺序或差异表达的基因并用qPCR、WB等方法验证,此外找到m6A有差异的基因;
三、有没有不做实验,直接做分析做m6A分析的生信套路呢?
答案是肯定的,生信自学网经过2个月的开发,研究了一套m6A RNA甲基化分析的思路,而且是参考一篇5分论文,数据来源TCGA数据库,希望对大家有帮助,课程即将发布,敬请关注

分析思路:
分析方法:

1、TCGA官网下载表达数据、临床数据;数据整理,临床提取;

2、m6A相关基因表达,差异分析得到差异结果,绘制m6A相关基因热图、小提琴图;

3、肿瘤分型subtype,也是本课程最重要的内容,当然也是当前生信挖掘的的重点内容,根据m6A相关基因表达量,把肿瘤样本进行分型、聚类,可以做主成分分析,生存分析,临床相关性分析;

4、接下来构建风险模型,首先做单基因COX分析,找到和预后相关的基因,然后做Lasso回归构建模型,风险生存分析、ROC曲线。

5、风险与临床相关性的热图

6、独立预后分析

生信自学网精心录制的《m6A RNA甲基化5分文章套路视频(肿瘤分型/RNA修饰)》即将上线,敬请关注,谢谢!


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