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m6A-RNA甲基化(m6A RNA methylation)5分纯生信文章解读

时间:2019-05-21 15:59来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
m6A RNA methylation文章解读
m6A RNA methylation研究是当前分析的热点,如何抓住这个热点,结合自己的研究?
今天我们来解读一篇m6A RNA methylation的5分文献,希望对大家有帮助,当然大家可以学习生信自学网最新发布的课程《m6A RNA甲基化5分文章套路视频(肿瘤分型/RNA修饰)》
首先我们看下文章和文章简介:


1、m6a-RNA甲基化调节因子的表达与胶质瘤的临床病理特征相关

图1、m6a-RNA甲基化调节因子在具有不同临床病理特征的胶质瘤中的表达。(A-D)13个m6a RNA甲基化调节因子在不同世卫组织分级的胶质瘤中的表达水平。(E-F)不同IDH状态下LGG中m6a RNA甲基化调节因子的表达水平。(G)不同IDH状态的GBM中m6a-RNA甲基化调节因子的表达水平。(h)不同1P/19Q码删除状态的IDH突变体(mIDH)LGG中m6a RNA甲基化调节因子的表达水平。*p<0.05,**p<0.01,***p<0.001,***p<0.0001。
 
2、m6a-RNA甲基化调节器的一致性聚类确定了两组具有不同临床结果和临床病理特征的胶质瘤。

图2、RM1/2亚组胶质瘤的临床病理特征和总生存率的差异(A)k=2~10的一致性聚类累积分布函数(CDF)。(B)k=2~10时CDF曲线下面积的相对变化。(C)m6A-RNA甲基化调节器一致表达所定义的两个簇(RM1/2)的热图和临床病理特征。(D)309名CGGA胶质瘤患者的Kaplan–Meier总生存率(OS)曲线。
 
3、通过一致性聚类确定的类别与胶质瘤的恶性程度密切相关。

图3、RM1/2亚群中m6a-RNA甲基化调节因子的相互作用和胶质瘤的功能注释。(A)13 m6A RNA甲基化调节器之间的m6A修饰相关相互作用。(B)13 m6a改性调节器的斯皮尔曼相关分析。(C)CGGA数据集中总RNA表达谱的主成分分析。RM2亚组的胶质瘤用红色标记。(D-E)使用GO生物学过程术语(D)和Kegg通路(E)对在RM2亚组(红色条形图)或RM1亚组(绿色条形图)中表达较高的基因进行功能性注释。(F)GSEA显示RM2亚群中高表达的基因丰富了恶性肿瘤的特征。
 
4、m6a-rna甲基化调节器的预后价值,以及使用七个选择的m6a-rna甲基化调节器构建的风险特征

图4、7个m6a RNA甲基化调节器的风险信号。(A)构建包含7个m6a RNA甲基化调节器的签名的过程。用单变量Cox回归计算的危险比(HR)、95%置信区间(CI)和用lasso计算的多变量Cox回归计算的系数。(B-C)根据风险评分分配给高、低风险组的CGGA(B)和TCGA(C)数据集中患者的Kaplan-Meier总生存率(OS)曲线。
 
5、预后风险评分显示与胶质瘤的临床病理特征密切相关。

图5、风险评分、临床病理特征与RM1/2亚组的关系。(A)heatmap显示了7种m6a RNA甲基化调节因子在低风险和高风险胶质瘤中的表达水平。比较低危组和高危组临床病理特征的分布。***p<0.001(b-h)根据WHO等级(B)、TCGA亚型(C)年龄(D)、IDH状态(E)、1P/19Q编码状态(F)、性别(G)和RM1/2亚组(H)对CGGA数据集中的风险评分分布进行分层。**p<0.01和****p<0.0001。(I-L)ROC曲线显示风险特征、WHO分级和年龄对三年生存率(I)、RM1/2亚组(J)、IDH突变状态(K)和1P/19Q编码状态(L)的预测效率。(M-N)CGGA(M)和TCGA(N)数据集中临床病理因素(包括风险评分)与患者总生存率之间相关性的单变量和多变量Cox回归分析。ns无显著性,***p<0.001,***p<0.0001。
 
图6、按世卫组织分级分层的患者风险特征的预后价值。(A-C)Kaplan-Meier:世卫组织II级(A)、世卫组织III级(B)和GBM(C)患者的总生存曲线。(D-E)ROC曲线显示了在CGGA(D)和TCGA(E)数据集的GBM中,风险特征对间充质亚型的预测效率。(F-I)高风险评分的GBM患者从TMZ化疗中获益更大。
以上就是这篇m6A RNA Methylation文章的主要分析内容,很多同学看到这么多图,这么多分析,无从下手,其实现在生信分析没有那么难,关键是找方法。
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