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TCGA数据库肿瘤微环境挖掘肿瘤免疫评分基质评分

时间:2019-03-22 10:13来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
在肿瘤微环境中,免疫细胞和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估具有价值的。
TCGA数据库肿瘤微环境挖掘
主要内容
1、简介
首先会给大家介绍肿瘤的微环境,肿瘤微环境是肿瘤细胞所处的细胞环境,其组成包括细胞外基质、可溶性分子和肿瘤基质细胞。肿瘤微环境一旦形成,众多面会议细胞,如T细胞、髓源抑制细胞、巨噬细胞等,都被催化至此,构成肿瘤的微环境。生信自学网新课预告
在肿瘤微环境中,免疫细胞和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估具有价值的。

预测软件
我们是使用ESTIMATE预测软件,这个软件可以预测我们肿瘤的一个纯度,重要是通过预测免疫打分和基质打分预测肿瘤的纯度,从而预测基质细胞和免疫细胞的含量,预测到基质和免疫细胞的含量之后,基质细胞和免疫细胞含量多了,那么肿瘤纯度就低。
预测用到的数据就是基因表达的数据,之前我们生信自学网录制的《TCGA肿瘤免疫细胞浸润》课程用到的也是基因表达的矩阵。这里的算法是单样品的GESA算法。
通过ESTIMAT软件预测,可以得到三列信息:
stromal scor 基质细胞打分
immune score 免疫细胞打分
estimate score 综合打分,就是基质细胞打分和免疫细胞打分的综合

2、表达数据下载
数据下载尽量从TCGA官网下载,因为TCGA的数据在不断的更新,这样在写文章的时候也可以直接写上下载数据的时间节点。TCGA数据在肿瘤研究中占用非常重要的地位,所以很多机构做了一些方便下载的界面或工具,但大部分数据都没有更新,很多还是2015年的数据,所以提醒大家一定要从TCGA官网下载数据。按照我们生信自学网的方法,从TCGA下载数据,合并数据是非常简单的,因为脚本已经帮大家写好了,只需要做简单的电脑操作就可以把数据提取出来。

3、数据整理
从TCGA数据库下载的数据,每个样本是一个文件,我们需要利用生信自学网原创的脚本提取合并矩阵文件,整理成矩阵之后就方便我们后续的分析
4、肿瘤微环境分析(免疫和基质评分)
接下来我们会用矩阵做肿瘤微环境分析,这一步可以得到两个重要结果,免疫评分和基质评分,也就是肿瘤组织里面免疫细胞的评分和基质细胞的评分

5、临床数据下载和整理
购买课程提供资料代码,答疑请联系微信:18520221056
6、评分和生存关系
评分和生存之间的关系,得到免疫细胞多与生存是什么关系,免疫细胞降低了,跟生存又有什么关系,我们就可以做免疫评分和生存的关系,也可以做基质评分和生存的关系。

7、评分和临床性状关系
接下来做评分玉临床性状的关系,比如我们希望找到基质评分与分期之间的关系,基质评分是否根癌症转移有关,就需要做评分和临床性状的关系

8、差异分析
这里的差异分析和之前我们做的差异分析不同,之前在TCGA基础课程中,我们做的是癌旁和癌症之间的差异分析,这里我们依据免疫评分或者基质评分,我们把肿瘤样本分两组,然后做癌症内部分析。根据免疫评分、基质评分分别分组后做差异,得到两组结果,再把这两组结果做交集,这样得到结果的可靠性更强。

9、差异热图
分别做免疫评分分组后的热图,基质评分分组后的热图,生信自学网原创录制
10、GO富集分析

11、KEGG富集分析
12、基因生存分析

批量做差异基因的生存分析

13、蛋白互作网络分析


责任编辑:乐伟
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