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TCGA数据库ATAC-seq数据发布

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发表于 2019-3-3 10:22:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
       TCGA数据库ATAC-seq数据发布--生信自学网光俊等了许久,终于等到TCGA数据库ATAC-seq数据的发布,ATAC-seq数据的出现,又给TCGA的研究增添新的研究思路。今天我们介绍下,可以从哪些方面做ATAC-seq数据的挖掘。

       ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing)是由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。真核生物的核DNA与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体,核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构。
       DNA的复制,或基因的转录都需要将DNA的紧密结构打开,从而允许一些调控因子结合(转录因子或其他调控因子)。这部分打开的染色质,就叫开放染色质,打开的染色质允许其他调控因子(启动子、增强子、绝缘子、沉默子等)结合的特性称为染色质的可及性。

       首先,单从ATAC-seq数据出发,我们可以绘制各种漂亮的图形,比如染色体覆盖度图、基因组特征图、Upset图、热图、TSS距离分布。除了图形以后,我们可以做ATAC-seq数据Peak的GO和KEGG富集分析,以及motif查找。其次,我们可以将ATAC-seq数据和其他组学进行联合分析,比如和转录组进行联合分析。通过联合分析,我们可以找到调节特定基因的可能的区域。我们先看看可以挖掘出来的图形效果,下小节生信自学网会给大家分享代码。

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 楼主| 发表于 2019-3-12 19:59:31 | 显示全部楼层
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需要发文章的朋友赶紧啊,最新的数据,最新的套路,非常不错
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