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甲基化数据也能做免疫细胞浸润模式了

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发表于 2019-3-12 21:53:56 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
甲基化数据也能做免疫细胞浸润模式了
--生信自学网光俊
     号外号外,甲基化芯片数据也能分析免疫浸润模式了。
您在分析甲基化芯片数据的时候,是否觉得写文章图表太少,是否觉得新意还不够,那我们生信自学网的这个文章您值得一看了。
     今天,我们生信自学网给大家介绍一个软件包,只要我们有甲基化的数据,就能得到免疫细胞的含量。我们先了解下甲基化芯片和免疫浸润的概念吧。
     Illumina HumanMethylation 450K BeadChip芯片可检测人全基因组近450,000个甲基化位点,具有单碱基的分辨率。全面覆盖了96%的CpG岛,并根据需求加入了CpG岛以外的CpG位点、人类干细胞非CpG甲基化位点、正常组织与肿瘤(多种癌症)组织差异甲基化位点、编码区以外的CpG岛、miRNA启动子区域和GWAS疾病相关区域的位点,同时覆盖了Human Methylation27 BeadChip的90%的位点。
      免疫细胞浸润是指免疫细胞从血液中移向组织,开始发挥它的作用,可以从组织中分离出的浸润免疫细胞。肿瘤中免疫细胞的浸润与临床结果密切相关,肿瘤中浸润的免疫细胞最有可能作为药物靶标来提高患者的生存率。
       接下来,我们看下具体的软件包了,它就是EpiDISH,我们看下EpiDISH的官方介绍吧。
       EpiDISH is a Rpackage to infer the proportions of a priori known cell subtypes present in asample representing a mixture of such cell-types.
       The package only includes one reference of 8 cell subtypes(B-cells, CD4+ T-cells, CD8+ T-cells,NK-cells, Monocdytes, Neutrophils, Eosinophils, and Granulocytes. Note thatGranulocytes consist of Neutrophils and Eosinophils). This referecen datasetwas based on 450k DNAm array; however, it could be directly used on both of450k and EPIC array data.
       从官方的介绍我们可以看出,EpiDISH针对甲基化的450k芯片,然后可以将450k芯片的数据转换为8个免疫细胞的含量。惊喜吧,以后我们的做甲基化芯片数据分析的时候,是不是文章又增加不少内容,是不是文章的逼格一下子高了很多。最后,我们生信自学网分享下,EpiDISH做免疫细胞浸润的代码,大家可以试着运行下,有问题可以跟我们生信自学网交流哟。





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