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miRNA靶基因预测

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发表于 2019-3-18 19:01:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
大家好,今天给大家分享一个miRNA靶基因挖掘数据库,具体是哪个数据库呢,接着往下看。
miRNA自从被发现以来,一直备受关注,已成为非编码RNA家庭中不可缺少的部分。关于miRNA,主要有两个研究方向,其一是作为biomarker,这方面研究需足够庞大的临床样本支撑;今天给大家讲解的是miRNA的另一个方向:功能机制研究,这个必须要有miRNA靶基因的参与,如何获得miRNA调控的靶基因呢?今天就给大家分享教程。
没错!Welcome tostarBase3.0
就是它啦! http://starbase.sysu.edu.cn/
它通过将miRNA的预测靶位点与Ago蛋白的结合位点相交来呈现miRNA-靶相互作用,其来自CLIP-seq数据。
那我们开始来操作了!
首先进入主页面后,点击mRNA-Target,选择miRNA-mRNA子模块。
进入子模块后,我们需要依次选择筛选条件(上图左侧),每选择一个筛选条件后,网站都是自动刷新显示筛选后的结果。我们以has-miR-21-5p为例进行操作,筛选条件选择了human支持10种肿瘤数,其他条件都是选择默认的。
当然网上也有相关的视频教程,大家可以进入掏宝搜索“生信自学网 ”,联系店铺客服即可。
我们可以把预测的结果下载下来。获得靶标基因就可以做后续分析啦!

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发表于 2019-3-25 13:39:39 | 显示全部楼层
生信自学课堂
不错,简单明了
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