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泛素化修饰(国自然基金论文发表)

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发表于 2017-9-8 13:27:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
蛋白质泛素化是一种常见的翻译后修饰,泛素是一类低分子量的蛋白质分子,在一系列特殊的酶(泛素激活酶E1、结合酶E2和泛素连接酶E3)作用下,能够与特定的靶蛋白分子结合,对其进行泛素化修饰,而泛素化修饰往往会使靶蛋白降解,从而起到调控蛋白质表达的作用。

今年的国自然已经放榜,从上榜情况来看,泛素化调节依旧是一个不错的方向,有深度有宽度,有逼格有品味,甚得评审的心意。

看到这么多中标的,吃瓜群众是不是也忍不住想要撸起衣袖大干一场了?想要研究泛素化,你首先得确定泛素酶和底物双方是谁,这就涉及到靶蛋白的识别,泛素化修饰中,靶蛋白的识别一般是通过E2或E3识别靶蛋白的特定Lys残基而将泛素连接到靶蛋白上。但是泛素酶千千万,到底是哪个才是我所研究靶基因的另一半呢?

推荐一个神器——UbiBrowser(http://ubibrowser.ncpsb.org/,专门用于预测和分析底物与E3之间的作用关系。

我们既可以从底物出发(靶蛋白)搜索潜在的E3,也可以从E3出发搜索它所能结合的底物。
比如我们检索一下TP53相关的E3,我们可以根据预测结果的可信程度进行筛选(Cofidence score),也可以根据E3的家族分类进行筛选。从下图中我们看出FBXO11与TP53的关系最为密切,然后依次是MIB2、MIB1。
点击网络图中的泛素名称还是查看具体的泛素化位点和E3的识别域,基金评审看到这样的图就知道你不是在异想天开,痴人说梦了
此外,选择evidence mode可以查看具体的evidence类型:
虽说是预测工具,但是还是会有很多文献报道过的,这里我们也可以查看到底有多少文献报道过底物-E3之间的相互作用,文献报道的多自然可信度就高了,但相应的创新性可能会有所下降。
当然了,利用数据库分析预测,只是泛素化调节研究的第一步,后续如何嵌套其它机制研究,以及如何设计实验,这个需要大家一起交流。

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