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联合基因组研究中心JGI数据库

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发表于 2017-9-9 20:31:26 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
本帖最后由 xinyu1986 于 2017-9-9 20:33 编辑

联合基因组研究中心(JGI,Joint Genomics Institute,http://jgi.doe.gov/)是美国能源部下属的一个基因组研究中心,在非动物基因组研究中,该中心应该是世界上规模最大的了。

JGI主要有以下8个数据库工具:


1、BBTools

主要用于处理DNA和RNA序列的原始读数数据。

2、Genome Portal

在这里可以下载到JGI收录的各个物种的基因组数据以及相应的分析工具,为科研工作者提供了基因注释、序列比对、组学分析、同源性分析等多种功能。


3、GOLD(Genomes OnLine Database)

GOLD中提供了来自全球多个来源的各个物种宏基因组测序项目的信息,以及它们的元数据。


GOLD的数据规模还在不断扩大,越来越多的物种基因组信息将被收录其中。


4、IMG(Integrated Microbial Genomes)

IMG着眼于微生物基因组的研究,提供微生物基因组数据的下载和分析(IMG/M,IMG/VR),以及分析挖掘微生物中生物合成代谢过程(IMG/ABC)。


5、Meraculous

这是一个真核生物基因序列分析工具,做物种基因组测序研究的童鞋可以关注一下。

6、MycoCosm

MycoCosm是一个真菌基因组数据库(http://genome.jgi.doe.gov/programs/fungi/index.jsf


据JGI官方说,百科全书也是他们的一个重点项目,但是目前看起来似乎还比较简单,内容不多,本宫随便翻看了一下,有种小时候看《十万个为什么》的感觉。

搜索栏中可以搜索你感兴趣的真菌,比如我们搜个Cordyceps militaris(蛹虫草),这里似乎得用全称,用C. militaris这样的名称识别不出来。


网站提供了包括BLAST序列比对、GO,KEGG注释,KOG注释


KOG(euKaryotic Ortholog Groups)和COG(Clusters of Orthologous Groups of proteins)是基于基因直系同源(Ortholog)关系进行注释的两个系统其中KOG针对真核生物,COG针对原核生物。COG/KOG结合进化关系将来自不同物种的同源基因分为不同的Ortholog簇,目前COG有4873个分类,KOG有4852个分类。来自同一Ortholog 的基因具有相同的功能,这样就可以将功能注释直接继承给同一COG/KOG簇的其他成员。

如果你还没有确定要研究的具体物种,你也可以试试真菌分类的Tree。

今年国自然面上项目还是有不少和真菌有关的(医学相关):

(1)新型苝醌类衍生物作为外排泵特异性抑制剂的逆转真菌耐药及作用机制研究

(2)AMPK激动剂在中性粒细胞-MMP-8致真菌性角膜炎炎症损伤中的保护机制

(3)天然免疫通过DCs调节Th17获得性免疫在角膜抗真菌感染中的作用机制

7、Phytozome

Phytozome是一个植物相关的基因组数据库(https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html),药用植物的重要性在医学上不必多说,研究药用植物以及中药的童鞋可以看过来

8、VISTA

这个软件当然不是Windows的VISTA版本了。。。是基因序列的比较分析工具,研究比较基因组学的童鞋不容错过。



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