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4个可以查询基因信息的网站

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发表于 2017-9-9 21:34:37 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
本帖最后由 xinyu1986 于 2017-9-9 21:38 编辑

4个可以查询基因信息的网站,分别是

1、NCBI的基因数据库https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

2、EMBL-EBI的基因数据库Vegahttp://vega.archive.ensembl.org/index.html/

3、HGNChttp://www.genenames.org/

4、GeneCardshttp://www.genecards.org/

5、Ensembl数据库(http://www.ensembl.org/

测评的基因名称包括以下mRNA和lncRNA:NR_015407、ENST00000453878、XM_002343322、CTD-2336O2.1、RP11-21L23.3、XLOC_009783、Gm3088


一、NR_015407

NCBI数据库中显示基因信息的最初来源是HGNC,然而在HGNC中直接搜索NR_015407却并没有检索到,只能说HGNC的虽说提供了最权威和标准的人类基因命名,但是检索起来似乎并没有那么方便。

该基因在Vega数据库中有记录,然而在GeneCards中并没有记录

二、ENST00000453878

该基因在GeneCards、Ensembl和Vega中有记录

在NCBI的数据库中没有记录

虽然大家都纷纷表示,数据源于HCGC,但是HCGC中还是搜不到

考虑到HGNC这位选手不给力,下面就不给他表演的机会了。

三、XM_002343322

这一轮Vega一枝独秀


四、CTD-2336O2.1

GeneCards和Ensembl有数据,但是Ensembl有一千多条结果,而相比而言GeneCards就匹配得比较精确些了。

Vega数据库没有记录,不论是用CTD-2336O2.1还是LOC101927752

而NCBI数据库中用CTD-2336O2.1检索没有结果,用LOC101927752还是能搜到的,这说明搜基因信息的时候用什么名称搜还是有点讲究的

五、RP11-21L23.3

同样的,GeneCards最为干净利落地显示了唯一一条条目

而Vega和Ensembl则匹配了更多的转录本信息,Ensembl中还能通过黄色标注中完全匹配的字段,Vega中就不太行了。

最弱的是NCBI的,完全匹配不到准确的条目

六、XLOC_009783

这个名称四个数据库都匹配不到,但是我知道有一个数据库可以匹配得到,文末再告诉你们。

GeneCards由于仅包括人类基因,所以下面测试别的物种的基因就不让它上场了。


七、Gm3088

前面在人类基因中NCBI基因数据库的表现都不太好,但是到了小鼠中,它一下子雄起了,Vega和Esembl中都没有,就它有

小结:人类基因的话,还是首选GeneCards,然后是Vega、Ensembl,最后是NCBI;小鼠基因如果看到是GM开头就直接用NCBI试吧,可能Vega和Ensembl里也有,但NCBI的更全一些;文章中介绍了这么多数据库,最后还是有可能找不到这个基因的信息的,所以有的时候也没有必要太过耿直了。


上文提到的哪里可以查到XLOC_009783这种名称,答案是lncPedia(https://lncipedia.org/)



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