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直接在NCBI的GEO数据库查看表达谱数据

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发表于 2017-9-12 05:42:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
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NCBI的GEO数据库是芯片数据的海洋,很多同学会在这里面找一些数据自己分析一下,为后续研究做些准备。这“很多同学”中的大多数需求都只是简单的想要找找不同样本/分组之间的差异,其实网站本身就提供了这样的功能,不需要把原始数据下载下来用某些专业的软件进行分析。
一、首先进入NCBI主页:

二、选择GEO Datesets:

三、输入想要搜索的内容(此处以某文献中提供的GEO号为例,也可以搜某疾病、某组织、某物种等):

四、点击Search后得到如下页面:


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 楼主| 发表于 2017-9-12 05:45:56 | 显示全部楼层
生信自学课堂
本帖最后由 Angela 于 2017-9-12 05:47 编辑

这里请注意:

这篇文献搜到的结果没有自带简单分析,如果是自带简单分析结果的,搜索出来的界面是这样的(此处直接搜的物种名):

可以看到,每个条目都是有图的,点击图片可以看到如下页面:

利用该页面可以选择用来比较的不同样本,查看差异表达谱。
下面介绍没有该结果应如何做简单差异分析。
五. 结合文献,可以看出第一个结果就是我们要找的,点开链接得到如下页面

六、 点击这个按钮,得到如下页面:






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 楼主| 发表于 2017-9-12 05:49:23 | 显示全部楼层
生信自学课堂
七、 点击Define groups并定义分组(此处以定义处理和对照为例)

八、点选样本然后再点选分组,即可将样本加入该分组:

九、点选样本然后再点选分组,即可将样本加入该分组:

十、比如,不修改设置(即使用默认设置),点击Top 250,得到如下页面:

十一、根据给出的结果,您可以挑选感兴趣的差异转录本进行验证或设计下一步实验。

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