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NCBI寻找基因转录本序列及相关编码蛋白

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发表于 2017-9-12 21:13:03 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
提及NCBI我们大家都不陌生,研究物种基因功能可都靠它呢。在NCBI的快速搜索下,基因转录本序列以及相关编码蛋白信息那也是手到擒来。然而当我们查找某个基因的相关信息时,就会发现该基因有很多个转录本。所以尽管基因查询很简单,但要精确定位到自己所需的转录本核酸序列及蛋白信息仍是一个问题,今天小编就手把手教大家如何通过经NCBI搞定此难题,以栗子为主,包学包会。

步骤
2.选择基因并输入你要查找的基因名称 ,这里以TP53基因为例:
3.点击search进入该界面
4.点击第一个TP53进入以下界面
5.下拉到NCBI Reference Sequences (RefSeq)区域,mRNA and Protein(s)
下显示的就是该基因的转录本及其编码的蛋白:

6.一直下拉会发现该基因共有15个转录本


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 楼主| 发表于 2017-9-12 21:14:43 | 显示全部楼层
生信自学课堂
案例
以第一个转录本为例来告诉大家怎样查找转录本的核苷酸序列及其编码的蛋白质的氨基酸序列。
7.点击 NM_000546.5后会出现以下界面
8.下拉到ORIGIN区域即为该转录本的核苷酸序列
9.返回到以下界面
10.点击NP_000537.3后会看到以下界面

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 楼主| 发表于 2017-9-12 21:15:53 | 显示全部楼层
生信自学课堂
11.下拉到ORIGIN 区域即为该转录本编码的蛋白质的氨基酸序列

获得该转录本的ORF序列

12.返回到以下界面
13. 点击CCDS11118.1后会出现
14.下拉到Nucleotide Sequence 区域即为该转录本的ORF序列,Translation 区域是该转录本编码的蛋白质的氨基酸序列。

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