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发表于 2017-9-13 14:05:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂

生命科学的许多在线资源在同行评审的论文中被大量发表,包括数据库和在线应用及数据分析软件。 这些资源在整个互联网和已出版的文献中散布,因而收集这些已发表的在线资源至关重要。

OReFiL为一个在线资源检索系统。其能够抓取网址出现在BioMed Central开放获取期刊的摘要和全文论文中,并收集这些网址。其通过正则表达式和基于启发式知识的规则提取URL。然后对在线资源进行构建索引,以便研究人员对其进行检索和比较。因为每个在线资源至少有一个PubMed ID,所以我们可以通过医学主题标题(MeSH)术语轻松获取其摘要,并通过参考相应的PubMed条目来确认其可信度。此外,OReFiL能自动提取URL并能更新索引。总之OReFiL,一种免费提供的在线生命科学资源检索系统。该系统的独特功能包括能够返回在线资源对应的发表论文;使用任意词检索的能力,使用MeSH术语或作者姓名;通过检索BioMed Central,Scirus,HighWire Press或Google Scholar的链接到相应的PubMed条目或引用该URL的论文,轻松验证每个命中结果的准确性,并快速确认是否存在该在线资源的网址。

下面小编列出几点检索技巧:

1、查询可以是任何关键字。可以修改每个关键字以通过在其后面添加以下修饰符来指定上下文:

1).tiab只检索标题和摘要(例如,RNAseq.tiab),

2)作者名称的.auth

3)MeSH术语的.mesh / .majr / .noexp。


2、可以使用#1(RNAseq human)来表示多关键字,此处为RNAseq 和human;布尔值“AND”运算符功能可以使用#band来实现,如#band(cotton genome),检索既含有cotton也含有genome的工具。


下面以human genome为关键词检索

出现一个我们常用的数据库UCSC,同时这条检索信息点击 Show details ... 后还包含以下参考文献、网址等信息


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