QQ登录

只需一步,快速开始

使用微信账号登录

查看: 205|回复: 0

肿瘤突变负荷文章套路讲解

[复制链接]

该用户从未签到

13

主题

24

帖子

152

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
152
发表于 2019-4-6 21:54:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
肿瘤突变负荷文章套路讲解
--生信自学网光俊
      肿瘤突变负荷(TMB)就是肿瘤组织每兆碱基中突变的总数。通俗的讲,就是肿瘤基因的突变密度,也就是肿瘤基因组中平均有多少突变,包括基因编码错误、碱基替换、基因插入或缺失错误的总数。一定程度上可以理解成单位区域内发生变换的密码总量越大,肿瘤突变负荷(TMB)越高,那么可能相应的肿瘤相关的致癌突变越多,每个肿瘤的个性就越突出,越不同于正常细胞。
      肿瘤免疫治疗的精髓就是通过各种方法唤起、加强机体的免疫系统对肿瘤的杀伤。这种情况下,肿瘤突变负荷(TMB)越大,即突变越多的癌细胞,越不像正常细胞,越容易被免疫细胞发现,越容易成为肿瘤免疫的靶子,从而理论上讲越有可能对免疫治疗有效。TMB越高的肿瘤病人对于免疫反应的效果越好。现在已知:高TMB可以帮助预测肿瘤免疫治疗在肺癌、膀胱癌、黑色素瘤等肿瘤病人中的疗效。
       生信自学网肿瘤突变从4个方面对肿瘤突变负荷进行讲解,可以完成TMB常见的文章套路分析。第一步,从TCGA下载突变数据,然后绘制常见的突变图形,以及计算TMB;第二步,下载临床数据,探讨TMB和生存的关系,以及和临床形状的关系;第三步,分析TMB和基因表达之间的关系;第四步,分析TMB和免疫细胞的关系,看看哪些免疫细胞在高低TMB具有差异。
        TMB视频链接1:http://www.biowolf.cn/shop/biovideo-182.html

        TMB视频链接2:https://item.taobao.com/item.htm?spm=a230r.1.14.1.7444da224bvMIv&id=591065634448&ns=1&abbucket=5#detailTCGA

        

         以下是生信自学网TMB分析常见的图形:



本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

客服热线
18520221056(微信) 周一至周日:09:00 - 22:00
公司官网:http://www.biowolf.cn

速科生物是一家融生信创新、设计、技术开发、服务为核心的生物公司,生信自学网专注于生信培训周边课程开发和代码设计,坚持为客户打造高品质的精品课程和培训服务。

Powered by 生信自学网 © 2016-2019 江西速科生物

QQ|生信自学论坛 ( 赣ICP备19001400号-1 )

GMT+8, 2019-5-20 08:41 , Processed in 0.153286 second(s), 25 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表