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KEGG代谢通路图怎么看?

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发表于 2017-9-14 10:14:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂

但是:为什么这个图上有的小框框是绿色呢?(这是绿色吧?我蓝绿不分的,下同)


因为这是一张特定物种(S. cere. 酿酒酵母)的代谢图,绿色的框框表示专属于这个物种。


在KEGG中有两种代谢图


一种是参考代谢通路图reference pathway,是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图,这种图上就不会有绿色的小框,而都是无色的,所有的框都可以点击查看更详细的信息;


一种就是像上面这样的属于特定物种的代谢图species-specific pathway,会用绿色来标出这个物种特有的基因或酶,只有这些绿色的框点击以后才会给出更详细的信息。


这两种图很好区分,reference pathway 在KEGG中的名字是以map开头的,比如map00010,就是糖酵解途径的参考图;而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写(应该就是一个属的首字母+2个种的首字母)比如酵母的糖酵解通路图,就是sce00010,大肠杆菌的糖酵解通路图就应该是eco00010吧。


那么:怎么找这两种图呢?


  • 有下拉列表的时候,在列表选择reference 或者是特定物种即可。
  • 在pathway检索的页面http://www.genome.jp/kegg/pathway.html ,如下图:
  • 默认的就是map,参考图,你想要什么物中的代谢图写上它的名称就好了(种属缩写),如果不知道是哪3个字母,点击organism 选择即可。不过你点进去也是一片空白,需要你提示两个字母才会给出下拉条目。


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发表于 2019-3-24 14:03:54 | 显示全部楼层
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