QQ登录

只需一步,快速开始

使用微信账号登录

查看: 3449|回复: 2

miRWalk2.0你会用吗?

  [复制链接]

该用户从未签到

9

主题

20

帖子

67

积分

注册会员

Rank: 2

积分
67
发表于 2017-9-14 11:06:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
miRWalk是一款比较实用的,预测miRNA靶点的数据库,但是有一个问题,miRWalk有两个:

miRWalk和miRWalk2.0,试过用miRWalk2.0,但是用完的结果都是:

虽然miRWalk2.0要好用很多,miRWalk里,只能预测基因的一些靶点:

但是miRWalk2.0里,可以预测类似ncRNA靶基因,和类似Pathway的分析。要怎么用呢?

楼主:其实两个数据库都可以使用,但是,但从界面来说,大家可能都更熟悉miRWalk:

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复

使用道具 举报

该用户从未签到

9

主题

20

帖子

67

积分

注册会员

Rank: 2

积分
67
 楼主| 发表于 2017-9-14 11:08:14 | 显示全部楼层
生信自学课堂
由于miRWalk所涉及的数据库不多,而且对于基因也没有特别的注释,所以,输入基因的时候,都是采用Gene Symbol,没别的选项,所以更没有多少类似于LncRNA之类的数据。

而miRWalk2.0不一样,由于添加的一些注释,以及数据库的整合,所以界面相对来说更为复杂。miRWalk2.0中,除了整合了更多的预测靶点的数据库,还对基因进一步进行了注释。

要注意的是,miRWalk2.0的界面中,对于基因的注释增多,就必须把所有的基因名字以及命名原则都选对,有些非常相近的命名不能选错,比如:

在这里,你看Synonym和Official Symbol命名是一样的,但是这里必须选择Official Symbol:

这里的Synonym是别名,选了Synonym,或者这项漏选,结果就会变成:

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复 支持 反对

使用道具 举报

该用户从未签到

9

主题

20

帖子

67

积分

注册会员

Rank: 2

积分
67
 楼主| 发表于 2017-9-14 11:09:24 | 显示全部楼层
生信自学课堂
所获得的结果有两类,一类是预测获得的靶基因结果:

另一类是已经验证过的结果,会有对应的文献编号在里面:

由于收集了大量数据库以及基因注释,所以还能搜索类似信号通路相关miRNA,细胞系表达的miRNA等等结果:

结果点进去,也能找到对应的文献:

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

客服热线
18520221056(微信) 周一至周日:09:00 - 22:00
公司官网:http://www.biowolf.cn

速科生物是一家融生信创新、设计、技术开发、服务为核心的生物公司,生信自学网专注于生信培训周边课程开发和代码设计,坚持为客户打造高品质的精品课程和培训服务。

Powered by 生信自学网 © 2016-2019 江西速科生物

QQ|生信自学论坛 ( 赣ICP备19001400号-1 )

GMT+8, 2019-5-21 12:39 , Processed in 1.734490 second(s), 25 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表