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TCGA数据下载工具

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发表于 2017-9-12 05:58:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
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1、TCGA简介

美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划,试图通过应用基因组分析技术,特别是采用大规模的基因组测序,将人类全部癌症(近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤)的基因组变异图谱绘制出来,并进行系统分析,旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小变异,了解癌细胞发生、发展的机制,在此基础上取得新的诊断和治疗方法,最后可以勾画出整个新型“预防癌症的策略”。

TCGA 使命:提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断、治疗和预防癌症的能力

TCGA 目标:完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的“图谱”。

TCGA数据源大部分都是公开的,如何有效的进行收集和预处理 是一个头疼 的问题。今天和大家介绍下下载数据的工具,其各有优缺点:

(1)直接去官网下载。这个具体参考其官网的操作文档就可以啦。

http://www.biowolf.cn/Video/tcga_download.html

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 楼主| 发表于 2017-9-12 05:59:26 | 显示全部楼层
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(2)cBioPortal

点击下载数据按钮之后,可以按照目前研究的癌症的类型和发表的年代进行选择,然后选择相应的数据类型,比对snp突变,拷贝数变异和表达谱数据等。

这个工具最好的地方在于 ,你可以选择你感兴趣的基因,然后点击submit提交,坐等下载就可以啦。当然这个工具还是支持一些在线分析的。
http://www.biowolf.cn/Video/cBioPortal_video.html

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 楼主| 发表于 2017-9-12 06:01:39 | 显示全部楼层
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(3)ICGC

ICGC 可以在搜索框中直接搜索你感兴趣的癌型。然后回车,选择相应的数据

选择相应的数据,然后点击下载。

然后选择想要下载的数据类型。


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 楼主| 发表于 2017-9-12 06:04:11 | 显示全部楼层
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(4)TCGA-Assembler

可以使用TCGA-Assembler这软件去下载TCGA的数据http://www.compgenome.org/TCGA-Assembler/。TCGA-Assembler不但可以很方便的下载数据,还能对数据进行初始化处理,非常方便。下载完后,我们使用首先要安装一些依赖包。通过下面的命令:
install.packages(c('HGNChelper', 'RCurl', 'httr', 'stringr', 'digest', 'bitops'), dependencies=T)

安装完了依赖包,我们进入刚才下载的TCGA-Assembler的目录,使用setwd(C:/Users/cloud/Desktop/TCGA-Assembler)设置TCGA-Assembler的目录为工作目录,接下来,我们就可以下载数据了。我们需要下载什么数据,就选择相应的脚本。具体代码见丁香网有具体的讲解。

(5)GenePattern。

这些工具使用起来还是有其局限性,都不能够轻易获取每个癌症类型的二维数据矩阵(例如基因为rows,样本为columns)。


参考资料:

http://www.cbioportal.org/public-portal/cgds_r.jsp

http://dcc.icgc.org/download/current

http://www.compgenome.org/TCGA-Assembler/

http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/download/index



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发表于 2017-9-21 10:01:05 | 显示全部楼层
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看着头痛,还是官网gdc好用点
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