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绘制聚类热图

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发表于 2017-9-13 14:28:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
本帖最后由 哆啦咦 于 2017-9-13 20:22 编辑


聚类热图是我们展示芯片、或者测序结果比较常用的方式,在文章中出现的频率非常高,一般来说,这张图的每行对应一个基因,每列对应一个样本,行和列形成的是基因数*样本数的表格,接下来用不同的颜色代表基因在样本中的表达量。颜色的设置有很多种,一般常见的是上图中的红绿搭配,还有蓝黄、彩虹色等等。
介绍一个工具:MeV(Multiple Experiment Viewer

MeV的下载网址:https://sourceforge.net/projects/mev-tm4/files/mev-tm4/


我们用MeV的最新版本4.9.0来演示,用到的数据是依凡在用R语言绘制的时候用到的数据,数据和代码下载链接:http://pan.baidu.com/s/1mi41JVa 密码:s03t

软件下载后直接打开Mev.exe软件:

接下来我们导入数据,用的文件是百度盘里面的heatmap_example.txt,我们选择file-load data后跳出下面的页面:

我们看到数据已经导入了,数据时miRNA的表达谱数据,一共有2组,每组4个样本,共8个样本,我们单击load后就生成了下面的图片:


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 楼主| 发表于 2017-9-13 14:29:21 | 显示全部楼层
生信自学课堂
这样热图就做好了,解析来我们进行聚类,选择左上角的Clustering,我们看到这里的聚类方法包括分层聚类(Hierarchical Clustering),Tree EASE,自组织映射,k-means聚类等等

我们今天用到的是第一个分层聚类HCL,所以选择第一个:

这里我们既进行基因,又进行样本的聚类,距离计算按照欧式距离来计算,选好后单击OK:

我们看到在左侧多出了HCL的选项,单击后右侧就显示了聚类好以后的结果:

大的框架已经有了,但是还需要调整下大小等:

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 楼主| 发表于 2017-9-13 14:30:56 | 显示全部楼层
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如图,在Display里面,选择Set Element Size后右侧选择图片大小,也可以选择Custom我们自己来设置大小:

这样就好了,不过结果跟依凡的聚类结果不同:

主要是样本之间聚类的不同,我们换种计算距离的方式,用Pearson相关系数聚类,就把对照组和实验组区分开了。

当然,我们看到MeV还有很多非常强大的用法,比如寻找显著差异基因的SAM分析,生存分析,one/two way ANOVA等等:

以及相关性网络(Network)、PCA主成分分析等等

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