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Cytoscape神操作

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发表于 2017-9-13 21:10:39 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
你是否被Cytoscape主页上的这张网络图惊艳过?

你是否被这种粗糙的作图技术刺瞎过?

同样用的是Cytoscape,为何画风完全不同?是因为下载的Cycoscape是假的么?肯定不是。。。那是因为?
操作不熟练,仅此而已!
封面这张图是一张蛋白质互作网络图,所以楼主找了一组基因去STRING上分析了一下,然后导出了互作关系的txt文件(上传到网盘中了,链接见文章底部)。
导入txt文件,把孤立节点Edit>>Cut掉

调整一下整体网络风格(选了一种最接近于目标网络图的风格,在此基础上进行微调)

这里顺便介绍一下,Border选项可以在节点边缘添加边框效果

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 楼主| 发表于 2017-9-13 21:12:05 | 显示全部楼层
生信自学课堂
接下来我们调整一下布局样式(选择这个样式是因为边缘的节点样式比较接近于封面图片),中间的节点比较密集,我们稍微拖一下,让它们分散点

封面图片的节点大小是根据节点的Degree来调整的,所以我们先用Centiscape这个插件算出节点的Degree

然后根据节点的Dgree调整节点大小

渐变选项(Continuous Mapping)大致调成10-50

下面开始调整Edge,先把Edge变成曲线,这里用默认选项即可


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 楼主| 发表于 2017-9-13 21:14:46 | 显示全部楼层
生信自学课堂
接下来调整Edge的样式,先调颜色(调了半天,选了这么个颜色~~只能说差不多吧)

后来用PS的拾色器取了看了一下参数

然后调整透明度,根据String数据库分析的combine_score渐变,参数见下图

再调整一下Edge的粗细,还是根据combine_score渐变

最后对图片进行微调,包括节点位置拖动以及曲线调整(选中Edge调整曲线节点,这个节点的数量可以在Bundle edge中的Number of handles中设置)

导出图片(先导出PDF格式之后再处理,保证图片质量)的时候,让工作区域能够显示整个网络

效果图

结语:gene list不同导致网络图还是有一些区别的,另外那张封面图中一些单向一对多的基因关系是很少见的,所以本文这张图中少有那种一束然后发散出去的feeling。方法已经教给大家了,要做成SCI论文中的插图可以通过修改背景,线条颜色等实现(毕竟SCI论文中不能用黑底!),这里不再赘述。
链接:http://pan.baidu.com/s/1nuHGFuL 密码:kn6a

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