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RCircos圈图绘制

时间:2017-07-13 05:35来源:原创 作者:Wolf老师 点击:
RCircos圈图用途广泛,特别是二代测序的文章,在很多文章都会用上圈图,SNP位点,基因的表达量,基因间的共表达关系,在生物学领域应用广泛。
RCircos R package绘制圈图,RCircos包支持Circos 2D数据轨道绘图,例如散点、线、柱状图、热图、连接器和文本标注。RCircos包直接从R中使用circos,免去了我们学习circos数据结构的过程,可以让我们快速上手,画出和circos类似的图形。
RCircos圈图绘制
RCircos函数
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot
RCircos.Gene.Name.Plot
RCircos.Heatmap.Plot
RCircos.Scatter.Plot
RCircos.Line.Plot
RCircos.Histogram.Plot
RCircos.Link.Plot
RCircos.Ribbon.Plot
RCircos圈图展示
直接从R中使用circos,免去了我们学习circos数据结构的过程,可以让熟悉R的人快速上手,画出和circos类似的效果,应该是这个包最大的贡献。同时,我们可以得到矢量化的图象,非常适合文章的发表。
Circos是一个可视化基因组结构相似性和差异,及基因组区间间位置关系的基于Perl语言的软件包。运行Circos需要额外的数据处理过程以准备图形数据文件和来自数据集的配置文件,这限制了它与其他软件工具例如R直接整合的能力。最近发布的R Bioconductor包ggbio提供了一种功能以基于多个其他包以环形布局显示基因组数据,这增加了它使用的复杂性,并降低了它与其他R流程整合的灵活性。结果:我们仅使用伴随着R base安装的R包实现了一个R包RCircos。该包支持Circos 2D数据轨道绘图,例如散点、线、柱状图、热图、展开图、 连接器和文本标注。每种图都用一个特定函数实现,所有函数的输入数据是数据框,它们能够是从文本文件中读取的对象或者用其他R流程产生的对象。结论:RCircos包提供了一种简单且灵活的方式使用R进行Circos 2D轨道绘图,并能容易地整合到其他R数据处理和图形操作流程中以展示大规模多样品基因组研究数据。它也能够充当产生复杂Circos图像的一种基础工具。

责任编辑:森莘
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