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GSEA富集分析GEO芯片gsea软件操作

GSEA富集分析课程是GEO芯片分析重要内容,可以直接用gsea软件做GEO芯片的GSEA富集分析

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GSEA富集分析 

GSEA(Gene set enrichment analysis)根据已有的对基因的定位、功能、生物学意义的知识的基础上,首先构建了一个分子标签数据库,数据库中包含多个功能基因集。通过分析基因表达数据,得到表达状况是否在某种功能上显著富集。

GSEA(无需先找差异基因)

GSEA计算的基本原理是扫描排序序列,当出现一个功能基因集中的基因时,就增加ES值,反之,就减少ES值,所以在整个扫描过程中,ES是一个动态的值。

表达数据集文件

表型数据文件

功能基因集文件

芯片注释文件

GSEA富集分析

KEGG富集分析

KEGG富集分析

GSEA富集分析

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  • GSEA富集分析GEO芯片gsea软件操作
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    匿名用户 2018-10-07 20:34:57

    做了GO、KEGG,再做这个,简单易学

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    南医大徐 2018-01-03 20:10:39

    这个课程学习没有难度,操作也很简单,看到公众号的推文说TCGA也可以做GSEA富集分析,很感兴趣,不过不想这个可以学习课程,TCGA的只能单独请老师做分析,希望以后推出对应的课程

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    Xinmin 2017-11-10 10:22:36

    之前看了很多微信公众号的推文,讲的都是些不适用的东西,还是学个课程来的扎实,直接就可以得到结果,看来这东西还得花点前学录制好的课程,总想免费的啥也没做出来。

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