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16S rRNA测序分析

软件安装,虚拟机安装,OTU注释,venny图构建,Alphaji以及Beta多样性,系统树构建及可视化

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16s测序分析 

16s测序

16S rRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1541bp,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。

其序列包含可变区和保守区。可变区序列因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关,通过提取环境样品的DNA,并扩增和检测其中的一段或几段区域,可以了解环境样品(土壤、肠道、海洋)中细菌的种类和风度。

OTU(operational taxonomic units)

如果序列之间,比如不同的16S rRNA序列的相似性高于97%就可以把它定义为一个OTU,每个OTU对应于一个不同的16S rRNA序列,也就是每个OTU对应于一个不同的细菌(微生物)种。通过OTU分析,就可以知道样品中的微生物多样性和不同微生物的丰度。

测序区域

由于16s rDNA较长(1.5kb),考虑到测序平台的读长限制,我们只能对可变区进行测序。16S rDNA包含有9个可变区,分别是v1-v9。一般我们队v3,v3-v4和v6可变区域进行扩增和测序。

《16S测序分析》课程主要内容:

QIIME安装

测序数据处理

OTU分析与注释

Venny图绘制

Heatmap图绘制

样品复杂度分析(Alpha diversity)

多样品比较分析(Beta diversity)

系统树的构建

其他分析

系统树

系统发生树(英文:phylogenetic tree或evolutionary tree)是表明被认为具有共同祖先的各物种相互间演化关系的树,又被称为系统发育树、系统演化树、系统进化树、种系进化树、种系发生树、演化树、进化树、系统树。它用来表示系统发生研究的结果,用它描述物种之间的进化关系。

16s测序分析

16s测序分析

  • 16S rRNA测序分析
    • 产品名称:16S rRNA测序分析
    • 录制平台:Win10
    • 电脑配置:8G内存
    • 视频课时:9个课时
    • 课程总时长:285分钟
    • 脚本语言:R语言
    • 资料大小:199M
    • 视频格式:MP4
    • 视频发送:网盘发货
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最有帮助的评价(2)

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  • 超爱
    小土豆 2017-11-10 10:01:20

    视频课程和资料都提供,很赞,老师答疑也快

  • 超爱
    石头记 2017-11-05 15:47:20

    订单截图直接发课程和代码,老师回复快,有这样一个平台,买些视频学习非常方便,最重要的是老师讲解非常清晰,初学者的我也能听懂,希望出更多视频。

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