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ssGSEA基因集文章套路肿瘤微环境热图

时间:2019-09-27 10:41来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
ssGSEA基因集文章套路课程之肿瘤微环境热图绘制
首先让我们来看下这个热图,包含的信息是非常丰富的。

肿瘤微环境计算之后,得到机制细胞打分,免疫细胞打分,综合打分,以及肿瘤纯度。ssGSEA分析得到了每个样本的29种免疫免疫基因集含量。热图横坐标是TCGA每个样品的名称,纵坐标代表29中免疫基因集,在前面的分析中,根据免疫基因集,我们把样品分成三组,分别是高免疫组、中免疫组和低免疫组。在上面的注释上,热图加上了肿瘤微环境的打分信息,使得热图整体效果新颖,内容丰富。

肿瘤微环境打分和分组的关系:

基质细胞打分,从左到右,颜色越来越浅,也就是基质细胞含量越来越低,从热图可以看出,随着免疫活性的降低,基质细胞含量也是越来越低的。

免疫细胞打分:从左到右,颜色越来越浅,也就是免疫细胞含量越来越低,从热图可以看出,随着免疫活性的降低,免疫细胞含量也是越来越低的。

综合打分:从左到右,颜色越来越浅,也就是综合评分越来越低,从热图可以看出,随着免疫活性的降低,综合评分也是越来越低的。

细胞纯度:从左到右,颜色越来越深,也就是细胞纯度越来越高,从热图可以看出,随着免疫活性的降低,细胞纯度也是越来越高的。

以上图形反应的情况也符合事实规律。
接下来我们看下绘制这个肿瘤微环境热图需要准备的数据:
1、肿瘤微环境每个样品的评分:

2、样本的免疫分组:

3、ssGSEA分析得到的免疫基因集表格:


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责任编辑:乐伟
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