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TCGA数据库肿瘤微环境新课发布

2019-3-24 07:54| 发布者: Bio_Wolf| 查看: 182| 评论: 0|原作者: 乐伟|来自: 生信自学网

摘要: 新课发布《TCGA数据库肿瘤微环境课程》TCGA数据库肿瘤微环境挖掘主要内容1、简介首先会给大家介绍肿瘤的微环境,肿瘤微环境是肿瘤细胞所处的细胞环境,其组成包括细胞外基质、可溶性分子和肿瘤基质细胞。肿瘤微环境 ...
新课发布TCGA数据库肿瘤微环境课程

TCGA数据库肿瘤微环境挖掘

主要内容

1、简介

首先会给大家介绍肿瘤的微环境,肿瘤微环境是肿瘤细胞所处的细胞环境,其组成包括细胞外基质、可溶性分子和肿瘤基质细胞。肿瘤微环境一旦形成,众多面会议细胞,如T细胞、髓源抑制细胞、巨噬细胞等,都被催化至此,构成肿瘤的微环境。

在肿瘤微环境中,免疫细胞和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估具有价值的。

预测软件

我们是使用ESTIMATE预测软件,这个软件可以预测我们肿瘤的一个纯度,重要是通过预测免疫打分和基质打分预测肿瘤的纯度,从而预测基质细胞和免疫细胞的含量,预测到基质和免疫细胞的含量之后,基质细胞和免疫细胞含量多了,那么肿瘤纯度就低。

预测用到的数据就是基因表达的数据,之前我们生信自学网录制的《TCGA肿瘤免疫细胞浸润》课程用到的也是基因表达的矩阵。这里的算法是单样品的GESA算法。

通过ESTIMAT软件预测,可以得到三列信息:

stromal scor 基质细胞打分

immune score 免疫细胞打分

estimate score 综合打分,就是基质细胞打分和免疫细胞打分的综合

2、表达数据下载

数据下载尽量从TCGA官网下载,因为TCGA的数据在不断的更新,这样在写文章的时候也可以直接写上下载数据的时间节点。TCGA数据在肿瘤研究中占用非常重要的地位,所以很多机构做了一些方便下载的界面或工具,但大部分数据都没有更新,很多还是2015年的数据,所以提醒大家一定要从TCGA官网下载数据。按照我们生信自学网的方法,从TCGA下载数据,合并数据是非常简单的,因为脚本已经帮大家写好了,只需要做简单的电脑操作就可以把数据提取出来。

3、数据整理

TCGA数据库下载的数据,每个样本是一个文件,我们需要利用生信自学网原创的脚本提取合并矩阵文件,整理成矩阵之后就方便我们后续的分析

4、肿瘤微环境分析(免疫和基质评分)

接下来我们会用矩阵做肿瘤微环境分析,这一步可以得到两个重要结果,免疫评分和基质评分,也就是肿瘤组织里面免疫细胞的评分和基质细胞的评分

5、临床数据下载和整理

6、评分和生存关系

评分和生存之间的关系,得到免疫细胞多与生存是什么关系,免疫细胞降低了,跟生存又有什么关系,我们就可以做免疫评分和生存的关系,也可以做基质评分和生存的关系。

7、评分和临床性状关系

接下来做评分玉临床性状的关系,比如我们希望找到基质评分与分期之间的关系,基质评分是否根癌症转移有关,就需要做评分和临床性状的关系

8、差异分析

这里的差异分析和之前我们做的差异分析不同,之前在TCGA基础课程中,我们做的是癌旁和癌症之间的差异分析,这里我们依据免疫评分或者基质评分,我们把肿瘤样本分两组,然后做癌症内部分析。根据免疫评分、基质评分分别分组后做差异,得到两组结果,再把这两组结果做交集,这样得到结果的可靠性更强。

9、差异热图

分别做免疫评分分组后的热图,基质评分分组后的热图

10GO富集分析

11KEGG富集分析

12、基因生存分析

批量做差异基因的生存分析

13、蛋白互作网络分析

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