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发表于 2019-3-2 22:54:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
<一> 语句及注释:
Perl 语句以分号(;)结尾,用 # 作为一行的注释,没有其它语言中那种跨行的注释。代码块用大括号围起来,这个和 C 类似,但这个大括号在有些地方是强制要求,如在 if ,for,do, while 等语句中,它不像其它语言一样会用缩进来判断块。
<二> 变量: 标量(scalar) & 列表(list)
Perl把简单的数据类型,如字符串,数字等“单数”的东西统称为标量,与之相对的,就是“复数”的东西,如数组。标量的声明都是 $ 开始,如:  $str = "abc"。多个标量也可以放一处一起声明:
     ($x, $y, $z) = (11, 22, "no");
数组的声明则是以@开头,如arr = ("abc","edf")。变量的声明和很多其它脚本语言一样,不需要指明类型,直接声明赋值就可以使用。如果只声明但不赋值,Perl 会默认给它赋值为:undef
为了检查一个变量是否已被赋值,Perl 提供了一个操作符:defined,用于判断一个变量是否已经被赋值
     if( !defined( $myvar ) )
    {
       print "uninitialized variable";
    }  
<三> 字符串
(1) 基本语法
在 Perl 中,所有字符串都是双引号或单引号括起来的,如: "string"  'string'。这两种方式在很多时候相同,不同的是当字符串出现其它变量或转义符号的时候,双引号会将变量的内容展开,而单引号的不会,这和 shell script 是相似的,如:
       $var = 234;
       $str1 = "str1var";    # 打印出来得到-> str1:234
       $str2 = 'str2var';     # 打印出来得到-> str2var
(2) 字符串拼接
点号(.)用于把字符串进行拼接,这个和其它一些语言直接把字符串连在一起就行不一样,要用点号把字符串连起来,如:
   $str = "abc"."efg";  # abcefg
这个用法,和 shell script , vim script 也是一致的。  
(3) 比较
这里需要强调的,字符串的比较要用:
  •     lt    小于 
  •     gt   大于 
  •     eq   等于
而不要用== , >=  , <= ,这些符号是用来比较数值类型的。
<四> 数组
(1) 声明
如前所说,数组是一个复数(plaural)形式的变量,它的声明是以@开头的,后面跟着小括号放入初始值
     @arr = (12,34,56);
同一个数组里的元素类型不一定要一样,下面的写法也是合法的:
     @arr = (12,"abc",'c');
当然,也可以声明空数组:
     @arr = ();
声明字符串数组时,可以用 q,qq,qw 系列操作符简化操作。q 代表 quoted,  qw 代表: quoted word.
     @arr = qq(abc);   # 等价于 ("abc")
     @arr = qw(abc ef gg);   # 等价于("abc","ef","gg")
     @arr = q(abc);    # 等价于('abc')
由上看出 qq 与 qw 的区别就在于,qq 是将括号中的整个内容当成一个整体加上双引号,而 qw 是以空格为分隔,如上第二个例子,abc, ef, gg 分别被加上了双引号,而 q 与 qq 相似。这几个操作符的好处在于,当你想在字符串加入转义符号,引号等符号时,会方便很多。
     qq(\abc)  eq  “\abc"
     qq("abc") eq ”\"abc\""
(2) 数组访问,插入
如果想访问数组里的元素,就用中括号加下标的方法,和很多其它语言一样,perl的数组元素从0开始算:
     print $arr[2];
有人可能注意到了,引用里面元素的时候,又用了$,而不是@。这里其实有一个原则,用@时,是表示整个数组,而引用其中的元素时,就用 $,后面将讲到hash类型数组,也是同样的原则。上面是一次访问一个元素,如果需要取出 sub array(切片), 则应如下写:
     @sub_arr = @arr[1,4];
Perl 中的数组是没有指定大小的,如果访问了没有定义的元素,就会返回 undef:
     @arr = (1,2,3);
     $ele = $arr[20]; # ele == undef
如果要往数组中加入新元素,也可以直接用中括号+下标:
     $arr[4] = 4; #如果不存在第4个元素就插入,存在就覆盖。   
(3) 转换
下面提一个很体现 Perl 风格的问题,前面说到,用@引用 一个数组时,表示对整个数组的引用,但这种引用在不同场合下(context)是表示不同含义的:
     @arr = ("abc", "ed");
     print "arr: @arr" ;
上面的 print 会将 arr 中的元素一个个的提取出来展开打印,这个好理解,但如果我这样写呢:
     $sz = @arr;  #
把数组赋值给一个标量,Perl 会把数组的大小赋值给左边的变量,所以上面的例子里,$sz 等于2。如果Perl没法判断,当前上下文是标量还是数组,默认情况下,@arr 都会展开数组:
     @arr2 = (1,2,@arr);  # arr2 == (1,2,"abc","ed").
但如果这时候,我是想让 @arr 当作标量来处理,怎么办?上面的写法是不行的。Perl 规定,如果想要指明转换为标量类型,就需要加上关键字: scalar.
     @arr2 = (1,2,scalar @arr);  # arr2 == (1,2,2)     
(4) sort 排序功能
Perl 为数组提供了排序操作符:sort。默认情况下,sort 对数组里的元素按字母排序,然后返回一个新的数组,旧数组不变。
        @arr = ("abc","rsz","ef");
        @newarr = sort(@arr);
         #  arr = abc rsz ef    newarr = abc ef rsz.
如果数组里存的不是字符,或你不想按字符序排序, 可以指定按数字的方式排序
         sort ({$a <=> $b} @array)
大括号表示一个比较函数,<=> 是指数值比较,$a 和 $b 表示比较的两个数,这两个变量是语言预定义的变量不可以更改。如果把a,b的顺序调换一下,就表示反过来排序,如果用了数值排序,而数组中又有字符串元素,那字符串都被当作 0,如果有多个字符串,字符串之间仍按字母序来排序。如:
        @arr = (22,44,33,-12,gg ,hh)
        sort({$a<=>$b @arr);  #   结果:-12 gg hh 22 33 44   
(5) 插入,删除。
Perl 提供了 push, pop, shift, unshift 等函数对数组进行入栈出栈之类的操作。push 和 pop 作用在尾部,shift 与 unshift 作用在头部。
          @arr = ("ab","bc","ee");
          pop @arr;   # 结果:("ab","bc")
          push(@arr,"hh");  #结果: ("ab","bc","hh")
          shift @arr;   #结果:  ("bc","hh")
          unshift(@arr, "vv"); #结果: ("vv","bc","hh")
<五> hash 数组
(1) 声明与初化
Perl 里的 hash 数组类似于 python 里的 dict, c++ 中的 map。数组中保存的是 <key,value> 一对值hash 数组用 % 来声明
     %hash = ("key1","value1","key2","value2");
     print "v1hash{key1}";  #打印出:value1.
上面的初始化语句在 key,value 很多时可读性很差,因此,Perl 又提供了另一种写法:
      %hash = ("key1"=>"value1","key2"=>"value2");
其中符号 => 与逗号的效果是完全一样,但这种写法看起来,就比较容易分辨别哪个是 Key, 哪个是 value.
(2) 插入,删除与修改
hash 的插入与修改在语法上是完全一样的。
         $hash{"key"} = "value";
如果 hash 数组中原来没有 “key”,就插入;如果有"key"及相应"value",如果原来有相应的 "key",就修改相应的 value 为新的 “value"。与此同时,Perl 提供了一个 delete 操作符来删除 hash 中的元素,如: delete $hash{"key"};
(3) 获取 key 与 value.
Perl 提供了keys 和 values 这两个函数来获取 hash 中的全部 key,value。这两个操作符返回的是一个数组,如:
                 %hash = ("k1"=>"v1","k2"=>"v2");
                 @k = keys (%hash);    #k == ("k1","k2")
                 @v = values(%hash);   #v == ("v1","v2")



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