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如何用MEGA作进化树(操作有干货)

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发表于 2017-9-8 13:43:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
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示例文件名: species.fasta
species.fasta 部分序列截图
数据下载请跟帖获取


然后,构建进化树两步走
(1)序列比对
常见算法:Muscle、ClustalW
①打开MEGA软件,这里以7.0版为例,依次按照箭头方向进行选择
②序列比对
经以上步骤后弹出新的对话框:M7:Alignment Explorer
若没有显示我们的目标fasta文件,请注意修改这里的文件后缀名称

③打开后的species.fasta文件
注意:重点来啦
④然后就比对好了,查看一下首位是否比对齐,没有比齐的碱基就删除掉
⑤最后,将比对好序列文件进行保存就好了,此处保存为mega format,文件名为species
(2)构建进化树
常见算法:Neighbor-Joining、Maximum Likelihood
点击Phylogeny构建进化树,可以看出构建进化树的方法也有好多种,此处我们选择相对常用的NJ方法


就这么简单,树就构好了

通过工具栏可以对树的形状进行调整

记得把树的文本文件是需要保存的,这里保存为Newick格式

点击上一步的export以后,又出现下面的窗口,继续保存

更贴获取原始输入文件

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 楼主| 发表于 2017-9-8 13:46:12 | 显示全部楼层
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链接:http://pan.baidu.com/s/1miMIzeK 密码:ejjd
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 楼主| 发表于 2017-9-8 13:54:43 | 显示全部楼层
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上面用MEGA软件对树进行简单的调整及美化,但是图的整体还是比较单调,并且只有进化关系。如果你还想对树做精细调整及添加各种注释信息,那不妨试试iTOL(http://itol.embl.de/):


这是一款进化树在线展示及注释工具,操作简单,功能强大到令人发指。像很多分析网页一样,你需要注册并登录账号(点击右上角的Login),才能使用它的功能。
登录后就可以上传树文件species.nwk(百度云盘下载链接: 链接:http://pan.baidu.com/s/1qYHQ3dM 密码:4ftg),通过点击Upload tree file或者直接拖拽到页面(后面的注释文件同样可以用拖拽的方式直接载入)。可以看到新生成了一个Sample project叫species.nwk,默认以拖入的文件名命名。

点击蓝底的species.nwk,就可以看到如下的进化树图,这是默认的形式,你可以通过右侧的Controls的工具窗口对它进行调整,还可以直接点击树枝或者节点调节树枝的颜色,隐藏树枝等等。


这里我们将树调整成圈图,调大了字体并且加粗了树枝。


然后我们可以直接拖入注释信息range.txt,我们这里是用不同颜色来表示不同的物种,同一个颜色就表示这些树枝所代表的物种是属于同一个门,如浅紫色表示这些物种都属于拟杆菌门(Bacteroidetes)。


这里的注释信息是画此图的唯一难点,我们以range.txt为例稍作介绍,无论什么样的注释文件,最终都要保存为纯文本文件,建议用notepad++编辑保存。


我们还可以在此基础上添加表达量或者物种丰度等信息,以下是我们添加了tol_multibar.txt注释信息。可以看到左上角同时多出了Sample name这样的图例。


进一步,我们还可以利用右侧的Controls控制窗口对图形进行调整。最后点击Export选框进行如下设置,将生成的图片进行保存。


以上我们主要介绍了两类注释方式,实际对进化树的注释信息还有好多种,而且可以一次注释多种信息。

iTOL的帮助页面(http://itol.embl.de/help.cgi)提供了example_data.zip可供学习参考。我们可以以他们的注释文件为模板来制作我们期望的注释形式。

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