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一个分析基因相关性软件

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发表于 2017-9-14 06:12:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂

我们在研究一个新的基因的时候,如果不清楚其主要的主要涉及的通路的话,一般都会选择共表达分析来观察和这个基因相关的其他基因有哪些。


基因共表达网络分析(Gene Co-expression Network Analysis)是基于基因间表达数据的相似性而构建的网络图。通俗点儿来说的话,就是如果我研究的这个基因在不同组织里面的表达趋势有其他基因和其表达趋势相似,那我们就说这这些基因基因存在共表达关系。


一般认为这些共表达基因基友可能是这个基因的上游或者其下游,这样我们就可以有一个明确机制研究方案了。


共表达分析的软件还是很多了,比如oncomine,但是需要教育机构邮箱注册,而且结果不能导出只能自己敲。这次介绍的这个网站则可以免费使用并且可以把结果导出来的。


网站的特别简单,我们只需要输入基因,选择芯片,更改参数即可。

这个网站是可以输入基因名,探针名等的。但是其实网站也是基于探针来分析的。最后在进行分析的时候如果一个基因对应的多个探针的话,系统也会让你在选择某一个探针的,大家到时候选择一个就行,如图即是在输入TP53后,系统让选择的界面:

我们在选择芯片的过程中,是可以根据不同的物种进行快速定位的。如图即物种选择的界面:


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 楼主| 发表于 2017-9-14 06:15:00 | 显示全部楼层
生信自学课堂

在输出界面中,我们可以在“Similarity”中选择分析方式,在“Output”中选择输出基因个数。网站特别友好的是每个选项后面都跟着一个“?”大家不懂的可以把鼠标放上去就可以看到解释了。


我们在把各项都选好之后点击“submit query”即可得到共表达的结果。

如图即为TP53共表达的结果绘制的热图;我们可以看到TP53的两个探针表达趋势是很特别相似的,所以大家在选择的时候可以不用特别的顾虑选择哪个探针:

如果大家有几个中意的基因,想看这几个基因是不是存在共表达关系的话。那这个软件也可以做的,大家只需要在'gene filters'输入其他中意的基因即可。


如果输入的基因探针的话,那大家可以换个芯片在试试。


大家拿到这些基因然后可以干嘛呢?可以把这些基因输入到DAVID上,这样把他们统一到具体的通路上,那是不是自己的研究方向就出来了呢?


楼主:可能你不太明白为啥要找共表达基因,举个简单点的例子哈,你看到有一百只兔子耳朵在哪里,那是不是就能知道有多少只兔子脚了?当然不排除有缺胳膊断耳朵的兔子存在,但大概的趋势都是一样的。基因也是差不多,A基因表达上调,导致B基因表达也上调,而A基因的表达和B基因的表达很有可能有一定的联系,通过这种联系去挖掘共表达,能分析出很多信息哦。


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 楼主| 发表于 2017-9-14 06:18:14 | 显示全部楼层
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对了,网址:http://biit.cs.ut.ee/mem/
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发表于 2017-9-20 14:46:33 | 显示全部楼层
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看着还不错,现在分析的小工具这么多,都不知道怎么选择,还是老实去做数据库挖掘喽
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