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基因分析看这个帖子胜读3本书

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发表于 2017-9-14 11:23:24 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
如果我们要了解一个基因的基本信息要去看什么呢?如果要看基因的序列,我们可以去NCBI,UCSC和ENsembl,如果要看这个基因的蛋白功能,那可以去uniprot,那么有没有一个网站把这些其他好的网站的信息汇总到一起的呢?这个答案吧,还真的有,那就是我们要介绍的网站:

我们先看一下这个网站的介绍吧:
看到没有,这个网站自动的总结了125其他网站的信息,怎么样是不是感觉很厉害,那么接下来我们来看一下这个神奇的网站吧。在搜索基因进入主界面以后,我们可以在页面的顶端看到这样子的信息,这个是网站基本信息的小标题,仔细看一下是不是很详细?那下面我们就看一下这些自己的内容吧
我们以p21基因为例看一下这个网站的一些常用的基本信息吧(由于信息太多,没提到的可以自己的挖掘一下):

1. 对于一个基因会有很多,我们查的可能使基因的曾用名,所以GENECADR中就要一项是aliases.如下图P21是CDKN1A的曾用名。
2.我们查一个基因时常常会看NCBI或UNIPROT上对这个基因的描述这样会让我们快速的了解这个基因,在genecard中,则把其他网站中的描述都放到了一起,不用我们去其他网站看这些信息了,如图
3.看完对此基因的描述后,我们可以在”function’中观察基因的功能,genecard中不仅总结了此基因基本的功能,还包括对于基因GO分析的功能和其基因的临床疾病表型,如图:p21的功能介绍和Go分析
4.看完对于基因GO分析的描述,我们可以在”Pathway“中观察其可能涉及的通路及PPI。如下图:P21涉及的信号通路及PPI;其中标记:R的为reactome的通路信息(很生动的一个通路网站,有时间再介绍吧),G为kegg的信息
5.在”location”中,我们可以观察基因的定位。如下图:p21的基因定位
6.在”expression“中可以观察基因在不同组织的表达情况
GeneCard的基因功能就介绍到这里,至于其他的,比如看基因的剪接变异体呀,相关的文章呀,药物作用呀大家有需要的可以自己去看,都是很明了的信息。

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 楼主| 发表于 2017-9-14 11:28:00 | 显示全部楼层
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我们要研究一个疾病,对于此疾病基础的信息的了解还是有必要的。楼上的GeneCards,这个数据库旗下还有另外一个和疾病相关的数据库

http://www.malacards.org/)。这是也是一个整合性的数据库。下面我们以乳腺癌为例来介绍一下这个数据库吧。

如图,MalaCards对于一个疾病提供了这么多信息,下面我们就简单的介绍一下其中一些信息吧。
1. 如图:在“summaries”中整合了各个数据库对于乳腺癌的描述,ps:对于写文章的童鞋,再写一个疾病的介绍的时候,有了这个,还怕写不出来?
2.”Genes”可以看到和乳腺癌相关的常见的基因,对于我们来认识这个疾病有很好的帮助。每个基因都显示了,对于乳腺癌,这个基因的作用,同时通过点击此基因,可以直接在GeneCards观察此基因。
3.在“pathway”和”Go Terms”中可以观察此疾病涉及的常见的通路和功能。

4.在”Animal Models”中观察此疾病在老鼠模型中涉及的通路和基因:
5.在“Drugs &Therapeutics”中可以了解乳腺癌中常用的治疗药物:
对于一个疾病的了解还是必须的,我们在了解这我们要研究的疾病的基本情况在,在我们的实验设计中,如果需要加些疾病相关的指标,就可以通过这个数据库中提示的指标进行添加。常用的MalaCards的功能就介绍到这里,至于其他的,比如:与疾病相关的多态呀,与此疾病相关的其他疾病呀,这个大家都可以看看。

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 楼主| 发表于 2017-9-14 11:32:23 | 显示全部楼层
生信自学课堂

上面用到的两个数据库里有好用的小工具。需要提醒的是,这些分析需要教育机构的邮箱进行注册。


1、GeneAnalysis(https://ga.genecards.org/#input):这个在线工具只能分析人的基因和老鼠的基因。这个在线工具其实就是对于多个基因进行整合的分析,如图即是网页的初始界面。

我们点击分析以后,会发现看到这些基因共同的汇总信息,如图

我们可以通过结果的分类来观察这些结果的具体信息。其主要分类有:组织中的表达情况;和输入基因相关的疾病;通路分析;GO分析;表型分析和分子组成分析


2、GeneAlaCart(https://genealacart.genecards.org/Query): 假如我有一些基因,我想下载这些基因所有各自相关的信息,那么我就可以用这个软件。网页的初始界面如图,我们只需要填入基因,选择自己想要保存的分类内容,然后点击提交即可,然后结果会以excel的形式保存下来。

在下载下来的excel格式中,如果全选的话一共有26个分类,包括molecular function descriptions, phenotypes, human phenotyeontology, biological Processes, Cellular Components, Molecular Functions, Pathways, Interactions, Super Pathway等等。


3、Genes Likes me(https://glm.genecards.org/#input):,如果我有一个基因,我想知道和基因相似的其他基因有哪些,那么这个软件就可以帮我们做到。

如图数据基因名即可

我们来输入TP53,即可看到结果如下,排在前面的TP63\TP73为TP53同家族的:

4、VarElect(https://ve.genecards.org/#input)如果我有一些基因,我想知道这些基因的哪些基因是和某一临床表型相关,我就可以用这个分析工具。如图,我们在左边的方框输入基因名,enter phenotype keywords(输入临床表型关键词)输入deaf(举个例子)。

结果如下,GJB2与GJB6与deaf相关,其中GJB2最相关。

操作才是王道,人前犀利的操作需要人后无敌的寂寞!


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