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FPKM值怎么做差异表达

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发表于 2019-3-2 22:49:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
FPKM值怎么做差异表达
--光俊
      我们在做TCGA转录组数据挖掘的时候,大多数时候都是用edgeR和DESeq R包做差异表达,但是许多R包都有个特点,包的manual里面推荐使用的数据是raw count,这样可以得到更准确的结果。如果我们下载的数据是raw count,那就正好符合我们的要求。但是经常有学员得到数据已经是矫正后的FPKM,或者其他矫正好的数据,这个时候,我们就需要写脚本做差异表达了(非配对T检验)。
   非配对T检验在生物信息学应用还是非常广泛的,如果我们的转录组数据已经矫正好了,或者我们想分析单基因的表达差异,我们都可以用非配对T检验,以下是非配对T检验的脚本。



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    发表于 2019-3-5 13:05:18 | 显示全部楼层
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    老师老师,代码怎么看不清楚啊,尤其是图片2底部的代码,看不见啊
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     楼主| 发表于 2019-3-12 19:55:57 | 显示全部楼层
    生信自学课堂
    赵宗贤 发表于 2019-3-5 13:05
    老师老师,代码怎么看不清楚啊,尤其是图片2底部的代码,看不见啊

    可能是网页的问题
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