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免疫基因预后模型文章套路

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发表于 2019-8-9 21:48:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂
免疫基因预后模型文章套路
--生信自学网光俊
       今天我们给大家介绍下生信自学网的”免疫基因预后模型文章套路”课程,该课程根据最新发表的5分文章录制。
      该课程主要分为四个部分:1)下载和和整理数据,得到差异免疫基因和转录因子;2)将预后相关的免疫基因和转录因子做相关性分析,构建TF调控网络;3)构建预后模型,并且验证模型准确性,以及独立预后分析;4)计算病人免疫细胞含量,并且做免疫细胞含量和免疫基因表达的相关性分析。
      这个课程除了用到我们常用的TCGA数据库外,还用到三个数据库,分别是:、
      1.     ImmPort: Shared research datafor bioinformatics and immunology。通过这个数据库我们可以得到免疫基因的列表。

      2.     Cistrome is a comprehensiveresource for predicted transcription factor (TF) targets and enhancer profiles。通过这个数据库,我们可以或者转录因子列表。
      3.     TIMER is a comprehensiveresource for systematical analysis of immune infiltrates across diverse cancertypes. The abundances of six immune infiltrates (B cells, CD4+ T cells, CD8+ Tcells, Neutrphils, Macrophages and Dendritic cells) are estimated by ourstatistical method, which is validated using pathological estimations. This webserver allows users to input function-specific parameters, with resultingfigures dynamically displayed to conveniently access the tumor immunological,clinical, and genomic features.

        课程购买链接1:https://item.taobao.com/item.htm?spm=a1z10.1-c.w4004-10718368101.2.f62b78a9ZeP75P&id=600176967077

       课程购买链接2: https://ke.biowolf.cn/biovideo-226.html







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