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Gene ID的转换

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发表于 2017-9-12 05:52:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
生信自学课堂

事实上很多时候都需要做基因ID的转换,与其依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,理解转换原理才能让你来去自如

今天主要记录几个ID转换的方式:

1、从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/ ... apiens.gene_info.gz

从中可以看到很详细的各种基因信息

2、从NCBI下载基因与其他ID转换的信息:

一、转refseq:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2refseq.gz

二、转ENSG:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2ensembl.gz#TCGA小工具ENSG转换由此而来

三、转uniprot:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz

四、转unigene:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2unigene

五、基因与GO的对应关系:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2go.gz

3、使用ID_Mapping:http://www.uniprot.org/uploadlists/

4、提取lncRNA的看这里:https://www.shengxin.ren/question/23

以上是数据原始信息,可以根据以上信息提取整理,应付各种常见的基因ID转换基本没啥问题了。



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发表于 2017-9-21 10:04:53 | 显示全部楼层
生信自学课堂
简单实用,就是不知道哪个命名是最权威的?
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