R包安装为何总报错
时间:2017-08-31 来源:原创 作者:森莘
微信公众号:biowolf_cn 点击:次
| 经常由学员反应，R包安装出错，问题可能由很多种，我们先看下正确的安装方法。 一、安装R包方法 1、首先我们来认识一下bioconductor的命令，这是下载所有bioconductor R包需要先输入的一条命令：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")  2、试着安装一个edgeR包  大家应该注意到，上面老师给大家标注的地方，我们R安装R包，首先回下载R包，这里需要检查下载的R包是否和需要下载的大小相同，其实这些语句都很简单，但很多学员看都不看，报错就截图给老师，说怎么安装不了，其实可能是你的网速不好，根本没有完整的下载R包，这一点非常重要。 在安装R包时经常出现：Updata all/some/none？[a/s/n]: 遇到这句命令很多学员就不知道如何操作了，这句命令的字面意思也很简单，就是问软件的使用者，是否需要更新其他R包，这里一律输入“n”，当然如果你的时间够充裕，也可以输入a全部更新试试，不过这个不是必要的，下次记得了，一律输入n就搞定了。 R这个软件挺智能，会自动安装相关的R包，看到上面的截图，我们可以看到安装edgeR包时也安装了limma、locfit包，还有些包需要安装十几个相关联的R包，这个时候就要耐心等待，不要心急，有些学员R还在下载，就截图说怎么还不行，这个要等R安装好所有的关联包。 3、检查R包是否安装成功：library("edgeR") ，你也可以输入你需要检验的R包，发现没有报错，说明R包安装成功。  4、大众R包的安装：install.packages("gplots") 这里由学员就由疑问，如何区分大众R包和bioconductor R包呢，其实这个不需要记住的，如果你使用的别人写的R包，那么代码会标注相关R包的下载安装；如果时自己写的代码，那么你肯定知道该包哪个类型，因为你在写程序时，已经对这个R包做过很多分析，否则你也不知道如何使用。 需要记住的就是这两种类型的包，在安装时命令时不同的，大部分都是大众包，生物信息分析的专业包，才是由bioconductor发布的。  安装大众包，有个选择镜像的过程，一般情况下，我们选择中国离自己省份近的镜像，当然选择第一个，就是总服务器的也是可以的，前提时网速够快。  调用R包  二、常见问题 1、电脑配置 如果电脑配置太低，请勿安装最新版本，在选择R版本时，需要根据操作系统选择，常用的win系统就选择win系统的R。 如果担心出错，安装比最新版第一个版本的R，因为当R出新版时，很多R包是没有更新的，这样就可能会报错，比如现在组新版是R3.4.1，那么我们安装R 3.4.0就是一个不错的选择。 2、工作目录的设置 如果不想麻烦，直接安装在C盘，很多学员操作习惯很好，把软件都安装在非系统盘，这样有可能报错。这里需要对安装好的工作目录做一个设置，这个步骤可以减少很多错误，因为我们R下载的R包，需要解压到R工作目录的“library”这个文件夹内，如果电脑不允许在这个文件夹读写，那么肯定要报错； 解决方法：设置工作目录的权限，把所有用户都设置为完全控制。  3、这个比较少见，就是R所有的R包都是使用IE浏览器下载的，而极少学员的IE浏览器无法打开R包的链接，所以安装就报错，这个时候需要设置代理路径。 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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