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ceRNA网络构建TCGA数据库

构建ceRNA网络,从数据库下载,差异分析,比对分析,到网络构建,生存曲线绘制,批量生成生存曲线

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ceRNA网络构建老师简介


《ceRNA网络构建基于TCGA数据库》

内容提纲:

第一章、TCGA数据库简介

第二章、软件安装

第三章、数据下载与提取

第四章、差异分析

第五章、差异lncRNA与差异miNRA比对

第六章、DEmiRNA靶基因预测

第七章、网络构建数据准备

第八章、构建ceRNA网络

第九章、生存分析

1、TCGA数据库简介

美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划,试图通过应用基因组分析技术,特别是采用大规模的基因组测序,将人类全部癌症(近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤)的基因组变异图谱绘制出来,并进行系统分析,旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小变异,了解癌细胞发生、发展的机制,在此基础上取得新的诊断和治疗方法,最后可以勾画出整个新型“预测癌症的策略”。

TCGA数据库包括丰富的数据类型和肿瘤类型,不需要任何费用即可获取大量数据,其次在TCGA下载的数据已经经过前期繁琐的标准化处理,节省了人工处理时间和资源。

ceRNA简介

ceRNA(competing endogenous RNAs,内源竞争RNA)假说揭示了一种RNA间相互作用的新机制。

已知microRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默,而ceRNA可以通过竞争性结合microRNA来调节基因表达。ceRNA可以通过应答元件与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默,这揭示了一条RNA->microRNA调节通路的存在,具有重大生物意义。

lncRNA是长度大于200bp,不编码蛋白质的内源性RNA分子。近年来的研究表明,lncRNA可以作为一种竞争性内源RNA(ceRNA)吸附miRNA,参与靶基因的表达调控,从而在肿瘤的发生发展中发挥重要的作用

近年来越来越多的证据表明,lncRNA与miRNA及其下游靶基因之间的相互调控模式与肿瘤的发生发展密切相关,已成为肿瘤研究领域的一大热点。miRNA作为一个转录后调控的重要因子,其活性可被lncRNA通过“海绵”吸附的方式调控,此类lncRNA又被成为竞争内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)。LncRNA作为ceRNA竞争性地与miRNA结合,从而调节编码基因的蛋白质水平,参与调控细胞的生物学行为。然而对于在肿瘤中发挥ceRNA功能的lncRNA目前仍知之甚少。

lncRNA参与ceRNA调控网络的作用机制理论下,任何具有miRNA结合位点的RNA种类都可以结合miRNA,从而以ceRNA的模式发挥作用。ceRNA构建了一个复杂的作用网络,正常生理状态下ceRNA网络中的各种分子之间处于一定的平衡状态,一旦平衡被打破就会导致疾病的发生。miRNA在ceRNA调控网络里发挥着核心作用,通过与靶mRNA结合,起到负性调控的作用。


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    匿名用户 2018-10-07 11:00:29

    都是操作,没有废话,确实专业有实力

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    匿名用户 2018-09-19 06:23:18

    学习了TCGA的大部分课程,一如既往,零基础,跟着视频跑代码,确实完美,99分,还一分怕老师骄傲

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    匿名用户 2018-09-09 14:33:19

    比较完整的课程,直接都是输入代码就可以出结果,设计确实很简洁,没有复杂的理论讲解。

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    小许 2018-05-26 05:43:31

    课程都是操作,学习不费力,对lncRNA分析很有帮助,特别是批量做生产分析,很实用。

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    九零后医生 2018-01-13 13:34:14

    下了好大决心才购买这个课程,学习之后发现很值,学到很多内容,讲解精练,是自己想学的内容,对自己发文帮助非常大,画出的图和跑出的数据都很漂亮。

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    南医大徐 2018-01-03 20:04:55

    找了很久,才找到这个课程,入门容易,虽然自己是生信小白一枚,还要谢谢客服耐心答疑,结合自己的癌症做出了结果希望可以发个不错的文章

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    Xinmin 2017-11-10 10:25:15

    课程讲解非常好,乐老师解答问题也非常专业,只是马上双11了,怎么不优惠点呢?

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    小土豆 2017-11-10 10:06:40

    选这个作为入门课程,确实考虑了很久,在生信商城也是第一次购买视频,有学姐在网易云课堂购买了乐老师的课程,现在发现服务确实很好,课程讲解很实用,没有一点废话,全部都是操作,详细,这下希望可以发个2分的SCI,是不是太自信了

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    Deli 2017-11-10 09:38:12

    找了很久找到这个课程,网上很多ceRNA的东西,学了这个课程,才发现那些东西真是误人子弟,怪不得之前总是写不出论文

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    爆旋飞龙 2017-10-24 20:23:31

    适合我这种零基础的,课程讲解很详细,最主要的是,直接用代码就可以跑出结果,很有收获感

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