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时间:2017-08-16 10:03来源:原创 作者:BioWolf 点击:
cBioPortal 网站整合了126个肿瘤基因组研究的数据,包括TCGA和ICGC等大型的肿瘤研究项目,涵盖了两万八千例标本的数据,此外部分样品还包括了临床预后等表型的信息。cBioPortal无需注册就
•网址: www.cbioportal.org/
•cBioPortal 网站整合了126个肿瘤基因组研究的数据,包括TCGA和ICGC等大型的肿瘤研究项目,涵盖了两万八千例标本的数据,此外部分样品还包括了临床预后等表型的信息。cBioPortal无需注册就能直接使用,而且提供一些小工具方便用户生成文章级别的图表,非常贴近用户的需求。
研究背景

•随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,特别是像The Cancer Genome Atlas(TCGA)、International Cancer Genome Consortium(ICGC)等大型肿瘤基因组测序计划的启动和完成,积累了大量的基因组学数据,这些数据至今为止已经占据了NCBI等公共数据库的半壁江山,同时也产生了各种各样的数据库以满足不同的研究需求。  
•对数据库的灵活运用已经成为科研工作者所必须掌握的基本技能,对于这些数据库,数量非常多,很多人都在问有没有一个数据库能一次得到多个结果,学习肿瘤基因组学数据库的利器:cBioPortal 网站。

分析案例

•癌症类型:LUAD
•基因:BRCA1 SOX9 TNK2 CDH1 BCL2
•分析数据:
Ø变异情况
Ø变异对下游基因的影响
Ø变异对生存和预后的影响


责任编辑:森莘
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