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生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

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  • [GEO] 芯片和测序的区别(二代测序和表达谱芯片) 日期:2019-08-23 10:03:07 点击:1890 好评:2

    高通量测序和芯片对于大部分的研究者而言,已成为分子生物学实验的常规手段。(这里的测序和芯片,指的是较为成熟的二代测序和表达谱芯片。)...

  • [GEO] 课程指南系列之GEO数据库挖掘 日期:2019-08-08 15:38:18 点击:3983 好评:2

    对于肿瘤分析当道的今天,非肿瘤分析的科研人员,如何做自己的生信分析呢?GEO数据无疑是一个最佳选择,芯片量大,数据获取简单,分析方法成熟便捷,都是GEO持续火热的理由。...

  • [GEO] GSEA富集分析 日期:2019-07-31 11:19:41 点击:2598 好评:12

    GSEA富集分析是芯片分析一项重要的分析内容...

  • [GEO] 如何结合GEO和TCGA快速发文癌症甲基化 日期:2019-07-31 11:04:27 点击:2991 好评:18

    GEO数据库结合TCGA数据库,甲基化快速发文,看看SCI是如何操作发文的...

  • [GEO] 多个GEO数据联合分析 日期:2019-07-31 10:44:31 点击:3430 好评:5

    上次推文Cox风险模型之后,有很多学员问到ceRNA、多个GEO数据联合TCGA分析、甲基化与基因联合分析的分析思路,我们在之前发文的基础上,给大家总结思路,希望对大家有帮助,当然最...

  • [GEO] 甲基化数据也能做免疫细胞浸润模式了 日期:2019-07-30 11:42:14 点击:1811 好评:2

    号外号外,甲基化芯片数据也能分析免疫浸润模式了。 您在分析甲基化芯片数据的时候,是否觉得写文章图表太少,是否觉得新意还不够,那我们生信自学网的这个文章您值得一看了。...

  • [GEO] 单细胞测序scRNA-seq数据下载【生信分析】 日期:2019-07-30 07:20:34 点击:5499 好评:6

    如何从GEO数据库下载单细胞测序数据,单细胞测序数据也可以做生信分析,如果你有单细胞测序的实验数据,整理好矩阵,也可以自己分析,方法,方法很重要。...

  • [GEO] 单细胞测序数据整理PCA TSNE聚类得到marker基因 日期:2019-07-30 07:19:38 点击:4277 好评:2

    前面我们给大家介绍了如何从GEO数据库下载单细胞测序(scRNA)的数据,接下来,生信自学网给大家简单重现一下数据整理以及后续的分析....

  • [GEO] 单细胞测序技术发展|原理|应用 日期:2019-07-30 07:17:07 点击:5570 好评:4

    近几年来,单细胞测序技术发展迅速,与传统测序方法相比起来,其对解决生物材料的低获取量和生物异质性等问题尤为重要。凭借这一技术,研究者们可在单细胞水平上面研究生物进...

  • [GEO] 快速解决GEO芯片样本少的问题 日期:2018-03-11 08:52:58 点击:1245 好评:2

    做GEO数据分析的时候,你是否因为样本量太少苦恼呢? 做共表达网络的时候,是否因为样品少图形看起来很low呢? 学员反映的这些问题,我们老师很快给出了明确回复。...

  • [GEO] GEO芯片分析思路探讨 日期:2017-08-15 07:26:34 点击:5028 好评:18

    利用R软件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等R软件包进行数据挖掘及生物信息学分析。DAVID在线工具做GO功能分析,在GeneMANIA数据库做进一步研究。...

  • [GEO] Ensembl Gene ID转换成gene symbol ID 日期:2017-07-21 02:18:40 点击:3791 好评:10

    基因ID种类很多,很多时候数据库下载的基因ID并不是symbol ID,那么就需要做个转换,当然不采用手工这种模式,需要使用程序自动转换,一个矩阵就有4-6万行记录。...

  • [GEO] NCBI表达谱芯片常用研究方法 日期:2017-06-09 10:01:03 点击:1188 好评:6

    NCBI数据库可以下载大部分GEO表达谱芯片数据,一个简单实用的研究思路非常重要,安装可操作的思路,结合自己的研究方向,可以得到不错的分析结果。...

  • [GEO] NCBI数据库GEO芯片检索和下载 日期:2017-06-05 14:21:15 点击:3897 好评:28

    这节课给大家讲解如何从NCBI数据库检索GEO芯片,下载矩阵文件,用来做GEO芯片的差异分析。...

  • [GEO] Targetscan预测miRNA靶基因 日期:2017-06-05 14:12:48 点击:8986 好评:12

    miRNA靶基因预测的工具非常多,如果使用单个预测工具,得到的靶基因数目非常多,这是需要利用做交集的办法,减少miRNA靶基因数据,得到更加准确的靶基因,使用的方法就是多个预测工具分...

  • [GEO] GEO表达谱芯片多个联合分析 日期:2017-06-05 14:08:48 点击:4731 好评:12

    GEO表达谱芯片分析的技术非常成熟,发表的相关论文也非常多,如果需要深入研究GEO表达谱芯片,多芯片联合分析提供了很好的思路,这样得到的差异基因,更加具有说服力;同时可以联合TC...

  • [GEO] 提取GEO表达谱芯片的数据矩阵 日期:2017-06-05 13:51:22 点击:4200 好评:26

    之前的课程我们讲解了如何从GEO数据库检索芯片数据,这节课给大家讲解如何从下载的数据中提取需要的矩阵文件。 下载的数据是压缩包格式,首先解压,得到soft文件,然后用UI文本编...

  • [GEO] GEO表达谱芯片做差异分析 日期:2017-06-05 13:50:34 点击:2855 好评:10

    从GEO数据库下载得到表达谱的矩阵文件,利用R软件做差异分析,这里用到的R包是limma.R,可以得到差异基因,差异基因上调、下调,归一化处理,热图,火山图。...

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