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GEO NCBI数据下载与提取视频教程

时间:2017-08-16 10:01来源:原创 作者:BioWolf 点击:
生信自学网提供GEO芯片数据下载视频教程,学习生物信息学,视频教程更容易入门,操作更简单,希望对初级学员有帮助。
GEO NCBI数据库可以免费下载很多芯片数据,包括基因表达芯片,miRNA表达芯片,甲基化芯片,需要做差异分析,选择GEO数据库下载芯片数据是一个不错的选择。
在数据检索之前,我们需要知道自己研究的方向,这个方向有哪些关键字,做到心中有数,进入数据库可以检索相关数据,检索到数据之后就可以下载。
在芯片选择是需要注意一些问题,首先是芯片的时间,不能是很久以前的芯片,最好选择2010年以后的芯片数据,芯片样本,样本不要选择太少的,样本数目对后续差异分析非常关键,一般样本包括正常和Tumor;芯片平台,查看芯片品台,选择常用的平台,每个平台使用的基因ID有所不同,选择合适的平台,后续分析少很多工作,有些平台是直接用gene symbol,而有些用的是Ensembl ID,那么差异分析之前还要做ID转换。


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责任编辑:森莘
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