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GO功能富集分析视频教程

时间:2017-08-16 09:58来源:原创 作者:BioWolf 点击:
差异基因功能富集分析非常重要,也很常见,这里讲解DAVID在线工具做GO功能富集分析,利用R软件做富集可视化分析。
GO(Gene ontology)按照生物途径(Biology Process),分子功能(Molecular Function)和细胞定位(Cellular Location)对基因进行注释和分类。通过对差异表达基因进行GO terms富集度统计学的分析,计算出差异基因GO term的p-value和p-value的FDR值(q-value),定位差异基因最可能相关的GO term。
比如说我们总的基因是20000个,在某个GO上有200个,就是20000与200的比例。假设人的基因有20000个,然后在某个GO上有200个基因。得到的差异基因是100个,那么按随机比例来计算,这100个差异基因应该有1个差异基因富集在这个GO上。如果这时候有20个差异基因富集在这个GO上,那么肯定不是随机产生的,说明这些差异基因在这个GO上是具有富集的,跟这个GO是很相关的,这个就是GO富集的原理。
GO富集分析使用的是DAVID在线工具,DAVID6.8的功能非常强大,做GO富集分析是DAVID的一个重要功能。


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责任编辑:森莘
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