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KEGG富集分析视频教程

时间:2017-08-16 09:58来源:原创 作者:BioWolf 点击:
差异基因富集,可以做GO和KEGG,用KOBAS3.0做KEGG富集分析是比较常见的,那么把gene symbol转换成KOBAS3.0可识别的ID也是非常重要的。
GO和KEGG这对欢喜冤家,一般是同时出现在不同场所的,虽然包装后,他们的外装差别很大,但是它们所关注的核心是类似的。很多在线工具可以对差异基因做GO和KEGG分析,也有些网站可以对单个的基因做GO或KEGG分析。
虽然DAVID6.8可以同时进行GO和KEGG富集分析,但是做KEGG分析,相比KOBAS3.0,DAVID6.8就显得有点LOW了,同样是通路图,KEGG的效果图是赏心悦目的,可能是各大网站的侧重点不同,所以做KEGG富集,我们首选KOBAS3.0,念着这个数据库,我还以为是“扛把子”,所以说这个数据库不简单,一看就是有实力的。
对于输入文件,KOBAS是顶牛的,准备打钩的时候,发现没有gene symbol,这可是怎么回事,基因ID有点混乱了,各大数据库都有自己的ID,这事得从生物信息的鼻祖沃森时代讲起,那个年代,谁会想到这生物学发展如此之快,人类基因图谱进展如此之快,真是从0到1要上亿年,从1到上亿不用一年啊。从此gene symbol的命名就越来越看不懂了,估计是介于gene symbol命名不规范,所以KOBAS决定放弃用这种ID来检索了。
既然是这样,我们就得把ID转换成KOBAS会识别的ID,不要茫然,用心了,很多分析都很简单。我们不外乎两种人,一种是拿钱买别人的时间,一种是拿时间来换钱,如果还没有那个实力,那就收起那颗浮躁的心吧。



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责任编辑:森莘
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