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TCGA命令行下载数据视频教程

时间:2017-08-16 13:42来源:原创 作者:BioWolf 点击:
TCGA数据库数据下载分网页下载和命令行下载,当文件数据比较大是,需要使用命令行下载。
TCGA数据库的数据下载是数据库挖掘的基础,TCGA官方提供两种下载方式,这两种下载方式是相辅相成的,一般临床数据,miRNA表达数据,样本量少的数据可以使用网页下载,而基因表达数据,甲基化数据,样本量大的数据都要使用TCGA提供的GDC工具才能下载,当然GDC工具下载也先要到TCGA数据库下载相关的文件,也就是保存所有样本信息的文件,结合GDC工具和样本信息,就可以下载TCGA数据了。
TCGA数据库用户数量多,服务器压力大,所以下载一般选择比较闲的时间段,不要选择在周末或者是用网高峰,这样很容易出现下载失败,然后要反复去运行命令下载,一般选择在工作日用网低峰或者是凌晨下载,操作很简单,输入命令,工具就会自动下载,不用担心需要一直守在电脑旁边。
数据下载下载要分目录保存,要不然后续处理连自己都不清楚哪些样本是基因,哪些样本是miRNA的,这点很重要,养成一个好的习惯。

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