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Cox比例风险回归模型发文思路

时间:2018-06-07 15:02来源:原创 作者:biowolf.cn 点击:
TCGA数据库挖掘,癌症分析首选数据库,Cox比例风险回归模型是TCGA分析一个非常重要的方法,同时也是一个发文热点。
上次推文之后,有很多学员问到ceRNA、Cox风险模型、GEO多芯片联合分析、甲基化与基因联合分析的分析思路,我们在之前发文的基础上,给大家总结思路,希望对大家有帮助,当然最实惠的办法是学习课程,最高效的办法是找我们直接做分析。

1、数据下载

从TCGA数据库下载level3的RNA-seq数据

2、差异分析得到差异基因:

3、热图绘制

数据下载差异分析可以学习:TCGA基础课程

4、单因素Cox分析

5、多因素Cox分析

风险模型:

同时绘制生存曲线

6、ROC曲线

7、使用survival R包绘制ROC曲线7、风险曲线和热图

根据公式和每个样品的表达量得到每个样本的生存打分

学习Cox风险回归模型

8、独立预后因子

9、GO富集分析

想得到上面的表和图可以学习:GO富集分析

10、kegg富集分析


责任编辑:森莘
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