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7种可变剪接类型(TCGA可变剪切)

时间:2019-07-10 15:01来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
《TCGA数据库可变剪切数据挖掘》5分套路分析课程正在制作,大家可以重点了解下7种可变剪切类型。
7种可变剪接类型
在生物体内,主要存在7种可变剪接类型:
1) ES:Exon skip;
2) RI:Retained intron;
3) AD:Alternate Donor site;
4) AA:Alternate acceptor site;
5) AP:Alternate promoter;
6) AT:Alternate terminator;

7) ME:Mutually exclusive exons。

下图是我们利用高通量测序数据鉴别出来的7种可变剪接。
1) ES(Exon skip)指一个外显子从初始转录物上被剪切掉。如图A所示,基因发生可变剪接形成两种不同的转录本, 第1种转录本比第2种转录组本多一个外显子,我们将这种外显子称为inclusive exon,inclusive exon两侧的两个外显子称为constitutive exon。
2) RI(Retained intron):基因发生可变剪接形成两种不同的转录本, 第2种转录本由retained Intron与两侧的外显子一起形成新的外显子。
3) AD(Alternate Donor site):基因发生可变剪接形成两种不同的转录本,它们的3'端剪接位点一致但5'端剪接位点不同, 第二种转录本的5'端外显子有所延长。

4) AA(Alternate acceptor site):基因发生可变剪接形成两种不同的转录本,它们的5'端剪接位点一致但3'端剪接位点不同, 第二种转录本的3'端外显子有所延长。
5) AP(Alternate promoter):基因的两个转录本的区别在于第一个外显子不同,这样的可变剪接事件称为Alternative First Exon。
6) AT(Alternate terminator):基因的两个转录本的不同之处于最后一个外显子不同,这样的可变剪接事件称为Alternative last exon。
7) ME(Mutually exclusive exons):基因发生可变剪接形成两种不同的转录本,两转录本之间相同的外显子称为constitutive exon, 不同的外显子称为inclusive exon,两个inclusive exon不能同时存在与同一转录本中, 只能分别存在于不同转录本中。 这样的可变剪接事件称为Mutually Exclusive Exon。

2. TopHat原理 
A) ES(Exon skip)
转录本1和转录本2存在图中所示的junction sites, 那么exon skipping 这种剪切形式就发生在这两个转录本上。
 
B) RI(Retained intron)

1)检测到了junction1,意味着在 Exon1和Exon2之间存在着内含子;
2)内含子的覆盖度达到90% ;
3)测序深度,两侧深度较小外显子的15%;
4)内含子上下5bp的边界都能被覆盖到;
5)序列和其它基因不重复,则可鉴定出此处存在intron retention 类型的可变剪接事件。
C) AD(Alternate Donor site)

检测到Junction2或Junction3, 它们和Junction 1 在3'端是一样的, 区别在于5'端的剪切位点不一样, 那么Exon1和Exon2间存在alternative 5' splice site 类型的可变剪接事件。 
D) AA(Alternate acceptor site)

检测到Junction2或Junction3,它们和Junction1在5'端是一样的,区别在于3'端的剪切位点不一样, 那么Exon1和Exon2间存在alternative 5' splice site 类型的可变剪接事件 。

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