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KEGG通路富集分析

时间:2020-09-10 20:26来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
通过通路富集分析,我们可以看一下我们关注的长非编码RNA,它是通过什么样的通路来调节癌症的发生。

KEGG通路富集分析

大家好,下面我们要向大家讲解的是这套课程的最后一部分,KEGG的通路富集分析。通过通路富集分析,我们可以看一下我们关注的长非编码RNA,它是通过什么样的通路来调节癌症的发生。
做通路分析我们会得到这样的通路图:

这个通路图里面我们看一下左上角是通路的名称,图形里面的关系就是各个基因或者酶之间的关系。这里的颜色标识的话,绿色代表是负相关的,红色的话是代表正相关的,如果没有颜色,就表示它和长非编码RNA没有相关性,如果颜色越深那相关性就越强,这就是这样的一个图行。
当然,除了上面这个图形以外做通路分析我们也可以得到像下图的柱状图以及气泡图
 

我们先看一下柱状图,它的横坐标是富集在每个功能上基因的数目,纵坐标是功能的名称。像这个柱状图的话,这里不同的颜色代表不同的富集的程度,颜色越红的话富集程度越高。
再看一下这个气泡图,同样这个气泡图也是如此,颜色代表着富集程度,只不过它相对于柱状图来说多了一个基因的比例,这里每个功能上基因的数目除以总的基因的数目会得到的一个比例,横坐标就显示了基因的比例。
 
和GO富集分析一样,我们需要对靶基因进行id转换后得到的id.txt文件,以及我们准备的脚本文件。

运行脚本文件,我们会得到很多个通路图,还有一个柱状图和一个气泡图。还有KEGG的富集结果文件



最后我们同样也要对结果文件进行id转基因名的转换,最终得到转换后的文件

到这为止,这套课程就结束了,如果大家对这套课程感兴趣的话,可以通过下方的链接购买我们的课程,也可以关注我们的公众号,与我们取得联系,我们会为大家解决一些生信上的问题,也希望大家能有所收获。


课程链接:
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