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不做实验的生信分析可行吗?

时间:2017-08-22 19:16来源:原创 作者:森莘 点击:
随着生物测序的发展,生物数据越来越庞大,实验成本越来越高,对于普通的学生,或者是医务工作这,最佳研究思路就是结合实践或者专业知识,分析现有的数据库,也可以结合自用
随着各大数据库开放,比如TCGA数据库,SEER数据库,GEO芯片数据库,这些数据库的数据不仅具有代表性,而且是科研比较权威的数据,如果我们需要“出海”,不一定要自己造一艘船。如果我们的科研目标不是跨时代,或者根本没有科研经费,那么就面临一个选择,如果选择做实验,高额的费用当然是前提,这还需要得到好的结果,如果实验失败,一切都要从头再来。
当前比较有诱惑的几句话:"不做实验照样发论文",“给个基因就可以出论文”,“给个关键词就可以出论文”,你是嗤之以鼻呢?还是异常激动呢?也许博士5年,3年的实验都没有让你发表到论文,你想抓住这最后一根稻草,也许研究生马上要毕业,可是实验失败了,看到这样的标语,你心动了吗?
生信数据分析
其实很多人已经得到了结果,早些年的GEO,试下热门的TCGA,都是很多期刊杂志喜欢的,你需要做的不是相信哪些不切实际的广告,你要做的是踏踏实实的做分析。GEO当然当很多学生获得了高分的毕业论文,TCGA更是给了很多学生和医生在高分期刊发文的机会,这些都是有前提的,你得知道如何分析,其他人已经做过哪些分析,自己如何结合现有资料做数据库分析。
不要抱有不切实际得幻想,放下浮躁的心,好好学习一下,至少你得把选择的数据库搞明白,精读几篇别人的论文,这样列个提纲,分析数据,作图,写论文,修改论文,到最后发表。
当前比较流行得数据库,GEO芯片数据库,是前几年的救世主,让多少人脱离苦海,如果选择这个数据库,你得做比较深入得分析,太简单得分析,估计最后得结果会让你失望。TCGA数据库,是当前最热门,也是对医学实践已经产生推动作用得数据库,比如对乳腺癌得研究,已经运用到了实践,这样得研究是惊人的,还没有哪个生信分析像TCGA分析一样如此精确,可以结合表达量和临床,既可以删选基因,有可以做生存曲线,这个在癌症治疗和预测是非常有用的。TCGA数据库的数据分类和数据体量都非常大,可以选择的癌症类型多,所以可以出非常多高分论文。这里可以简单介绍下我们的了:生信自学是国内最早发布TCGA数据库分析代码,这些代码都是不简单的,当初TCGA刚在国内兴起,很多学员都咨询TCGA的问题,我们的团队也是在解答问题中不断摸索分析思路,不断下载数据,整理数据,然后提取数据,经过半年的代码磨合,终于使用与TCGA所有癌症,发布课程一年来,得到广大学员的一直认同,是TCGA数据库入门的首选。
TCGA数据库
关键时刻你得靠速度,当前我们得分析已经深入到COX分析和ceRNA网络构建,这两个课程得推出,会将TCGA数据库分析推向一个新的高度,在这样得分析背景下,如果你还没有激动,还在考虑购买这几门课程是投资还是消费,那么很多人都在偷笑,33种癌症得资源是非常宝贵得,如果自己不是分析大咖,你得速度就决定了自己论文的地位,是被引用还是被拒绝,你得心中做衡量。
热图
可以和GEO、TCGA数据库相提并论,是SEER数据库,这个数据库在癌症分析也有相对的地位,绝大部分临床医生都知道这个数据库,也通过这个数据库发表过文章,这个数据库是分析癌症的,但和TCGA数据库有些不同,因为SEER数据库只用临床数据,临床数据非常完整,包含的字段多,全,而且有多原发,是临床分析最佳选择,如果你是一线临床医生,这个数据库是不二之选。
我们不相信太浮夸的事情,因为我们的团队都是默默耕耘的80后,再好的数据库,也得跨出第一步,你准备好了吗?

责任编辑:森莘
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