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甲基化和基因表达联合分析

时间:2018-06-15 15:28来源:原创 作者:biowolf.cn 点击:
继TCGA基础课程、Cox风险模型、ceRNA网络构建课程推出之后,在学员强烈要求下,我们的程序员、授课老师合理规划,协同合作,经过半年的努力,终于推出了《TCGA甲基化基础课程》、《

那么我们来看看甲基化和甲基化表达联合分析:
一、数据下载
从TCGA数据库下载甲基化数据,按照一定的条件筛选需要的样本数据。同时整理临床数据。购买课程:《TCGA甲基化基础课程》

二、甲基化驱动基因
1、使用R包比较所有癌症组织及正常组织,使用一定的过滤条件,寻找所有的高甲基化及低甲基化的基因,并对hypermethylated及hypomethylated基因绘制图形。购买课程:《TCGA甲基化驱动基因》


2、对差异甲基化的基因,计算基因甲基化程度和基因表达的相关性,得到相关性检验的结果。

甲基化驱动基因

3、绘制热图

三、生存分析
使用survival R包对差异基因分别做生存分析,采用log-rank方法,使用一定的筛选条件,得到与生存相关的基因。
生存分析

四、GO富集分析
GO富集分析

五、KEGG富集分析

购买课程:《GO富集分析》《KEGG富集分析》

 


责任编辑:森莘
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