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TCGA数据库2018改版

时间:2018-03-03 20:29来源:原创 作者:森莘 点击:
新年新气象,TCGA迎来新一次改版,和以往的改版如出一辙,改动的是网页的格式和链接,数据并没有做修改,提供的指导性文件更多更人性话了,这也是所有TCGA研究者的福音。
新年新气象,TCGA迎来新一次改版,和以往的改版如出一辙,改动的是网页的格式和链接,数据并没有做修改,提供的指导性文件更多更人性话了,这也是所有TCGA研究者的福音。

现在带大家看看改版后的页面:

1、这个页面大家非常熟悉,是TCGA数据库的入口

2、选择需要的数据类型

3、选择需要的癌症类型

4、把选择好的数据放到cart里面

5、下载需要的数据,下面的图片做了详细的说明,根据研究需求下载

6、下载好的数据
7、gdc工具用来下载的文件和gdc工具

8、接下来这个文件是clinical里面的TSV格式文件

说明:改版后我们用clinical里面的JSON文件来提取生存时间和生存状态,用来做后期的生存分析,这个知识点对学习了我们的《TCGA基础课程》的学员非常熟悉。

经常有学员问,这里的clinical里面只有一小部分临床信息,如何才能获取更多的临床信息呢?我们给大家准备好了代码,可以直接购买学习提取,当然也可以直接购买提取好的临床信息。


责任编辑:森莘
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