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ICGC数据库挖掘入门简介

时间:2019-07-30 11:36来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
ICGC(International Cancer Genome Consortium,国际肿瘤基因组协作组),主要目标是全面阐明导致全球人类疾病负担的多种癌症中存在的基因组变化。
ICGC(International Cancer Genome Consortium,国际肿瘤基因组协作组),主要目标是全面阐明导致全球人类疾病负担的多种癌症中存在的基因组变化。
ICGC收集了50种不同癌症类型(或亚型)的肿瘤数据,其中包括基因异常表达,体细胞突变,表观遗传修饰,临床数据等。
ICGC包括亚洲、澳大利亚、欧洲、北美和南美17个行政区的89项目,包括25000个癌症基因组。

ICGC数据库有表达也有临床,那么很显然,我们可以那这个数据库做差异,也可以用临床数据做KM生存分析,跟临床的相关性分析。
看到这些简介,我们很正常就会那ICGC数据库和TCGA数据库做比较。
1、最直观的区别,ICGC数据库是个国际肿瘤基因组协作组,是一个全球性的合作数据库,包含的样本是来自不同国家和地区;TCGA数据库是美国国立癌症研究所的数据库,只有来自美国的样本。有学员会问,那么作为全球联盟数据库,ICGC数据库是否包含有TCGA的数据呢?答案是肯定的,ICGC数据确实包含有TCGA的数据。
2、在生信研究时,ICGC数据库经常作为研究验证用,比如TCGA数据库胃癌的研究,很多时候我们希望对结果做验证,也许是审稿人需要我们对结果做验证,这个时候我们涉及实验来对研究结果做验证,也可以考虑用ICGC数据库做验证。
ICGC数据库官网:
https://icgc.org/

责任编辑:乐伟
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