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中药复方网络药理学找药物靶点

时间:2019-07-30 11:22来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
中药复方网络药理学视频课程之如何找药物靶点,使用TCMSP数据库
中药靶点
前面我们给大家介绍了如何从TCMSP数据库获取中药的中药成分,做后面的分析的话,我们还需要获取中药的靶点,中药靶点我们还是利用TCMSP数据库。
如果大家希望快速学习相关内容,可以直接购买生信自学网录制的《中药复方网络药理学》的课程。
当然,在找靶点之前,我们可以先了解如何找到中药的有效成分:
 
http://www.biowolf.cn/Pharmacology/TCMSP_component.html
1、进入TCMSP数据库:http://lsp.nwu.edu.cn/tcmsp.php
2、在搜索框输入需要分析的中药,比如huanglian,进入选择页面,选择最符合要求的中药。
3、进入结果页面,前面我们用到的是Ingredients,现在我们选择Related Targets,选择之后我们就可以看到中药的靶点,这里显示的是所有有效成分的靶点,在前做有效成分的时候,我们通过两个条件做了删选,分别是OB>30%,DL>0.18,那么在选择靶点的时候,我也需要已经删选过的中药有效成分的靶点。

因为每一个有效成分对应的靶点不止一个,所以,在这里我们把所有的靶点都下载下来,然后结合前面有效成分的数据,通过perl脚本,整理得到有效成分的靶点。
4、经过前面的操作,我们就得到了两个文件
分别是重要中药有效成分、中药靶点


接下来我们就希望得到删选后的中药成分的靶点,那么我们这里需要用到perl脚本:

###Video source: http://study.163.com/provider/1026136977/index.htm?share=2&shareId=1026136977
######Video source: http://www.biowolf.cn/shop/
######生信自学网: http://www.biowolf.cn/
######合作邮箱:2749657388@qq.com
######答疑微信: 18520221056

use strict;
use warnings;

my %hash=();

open(RF,"ingredients.txt") or die $!;
while(my $line=<RF>){
	chomp($line);
	my @arr=split(/\t/,$line);
	$hash{$arr[0]}=1;
}
close(RF);

open(RF,"targets.txt") or die $!;
open(WF,">targetName.txt") or die $!;
print WF "MolId\tMolName\tTarget\n";
...
...
获取代码请联系微信:18520221056

经过处理,我们得到了可以用于后续分析的数据:



责任编辑:乐伟
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